Umowa o oddanie mienia Skarbu Państwa do odpłatnego korzystania zawarta została na podstawie art. 39 w związku z art. 37 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 13 lipca 1990 r. o prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych /Dz.U. nr 51 poz. 298 ze zm./ oraz art. 64 i art. 40 ustawy z dnia 30 sierpnia 1996 r. o komercjalizacji i prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych /Dz.U. nr 118 poz. 561/ nie miał do skarżącej zastosowania.
Zatem uiszczenie za zlikwidowane Przedsiębiorstwo należności o charakterze podatkowym nosiło znamiona "nadpłaty" w rozumieniu art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "B.-P." Sp. z o.o. w P. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 21 września 1998 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 1997 r. - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Urzędu Skarbowego w P. z dnia 23 czerwca 1998 r. (...); (...).
Zaskarżoną decyzją z dnia 21 września 1998 r. (...) Izba Skarbowa w L., na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 ordynacji podatkowej, po rozpatrzeniu odwołania "B.-P." Sp. z o.o. od decyzji Urzędu Skarbowego w P. z dnia 23 czerwca 1998 r. (...) odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 1997 r. w kwocie 76.692 zł - utrzymała w mocy decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu swojej decyzji Izba Skarbowa wskazała, że w dniu 21.04.1997 r. Spółka "B.-P." wpłaciła zaliczkę na podatek dochodowy od osób prawnych za marzec 1997 r. w kwocie 76.692 zł za zlikwidowane 14.04.1997 r. (...) Zakłady Przemysłu Bioweterynaryjnego "B.".
W dniu 9.04.1998 r. Spółka złożyła wniosek o zwrot dokonanej wpłaty, gdyż była ona, jej zdaniem, uiszczona nienależnie. Urząd Skarbowy w P. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym dla Spółki, uzasadniając swoje stanowisko brakiem podstaw do uznania przedmiotowej wpłaty za nienależną.
Nie zgadzając się z tym rozstrzygnięciem Spółka "B.-P." wniosła odwołanie, w którym podnosiła, że pomiędzy zlikwidowanym przedsiębiorstwem, a powstałą nową osobą prawną - odwołującą się Spółką - nie istnieje następstwo podatkowe, a zatem zapłacona kwota była nienależna.
Izba Skarbowa nie znalazła podstaw do uwzględnienia odwołania i wskazała, że uiszczona kwota była zobowiązaniem podatkowym powstałym w przedsiębiorstwie przed 14.04.1997 r. tj. przed datą wykreślenia Zakładów z rejestru przedsiębiorstw państwowych. Zaliczka na podatek za miesiąc marzec przypadała do zapłaty do dnia 21.04.1997 r., zatem mogła zostać zapłacona przez przedsiębiorstwo przed datą jego likwidacji. Jednocześnie dnia 14.04.1997 r. Spółka z o.o. "B.-P." zawarła z działającym w imieniu Skarbu Państwa Wojewodą L. umowę w formie aktu notarialnego o oddanie mienia Skarbu Państwa do odpłatnego korzystania. Przejęcie mienia przedsiębiorstwa nastąpiło na podstawie art. 37 ust. 1 pkt 3 oraz art. 39 ustawy z dnia 13 lipca 1990 r. o prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych. Par. 7 ww. umowy stanowi, że przejmujący /Sp. z o.o./ odpowiada za zobowiązania PZPB "B." nie ujawnione przed jego przekazaniem oraz, że Spółka "B.-P." jest odpowiedzialna wobec Oddającego za to, że wierzyciele PZPB "B.": nie będą żądali od Oddającego spełnienia świadczeń.
W tej sytuacji Spółka wypełniła tylko par. 7 ww. umowy, a zatem dobrowolnie uiszczając za przedsiębiorstwo państwowe należną zaliczkę w ramach umowy nie może twierdzić, że świadczenie to było nienależna w rozumieniu art. 72 par. 1 ustawy - Ordynacja podatkowa. Rozliczenia dokonywane pomiędzy Urzędem Skarbowym, a Spółką nie wykazały powstania zobowiązania Urzędu wobec Spółki, zatem nie mogła powstać nadpłata podatku należnego Spółce.
W skardze na tę decyzję wniesionej do Naczelnego Sądu Administracyjnego "B.-P." Spółka z o.o. w P. nie precyzując wniosków podnosiła, że zaskarżona decyzja jest niezgodna z prawem, a zwłaszcza art. 72 par. 1 ordynacji podatkowej. Przedmiotowej wpłaty dokonała Spółka w imieniu własnym, co potwierdza zaksięgowanie jej przez U. S. w P. na koncie Spółki. Była to więc nadpłata /nienależnie zapłacony podatek/ podlegająca zwrotowi - art. 72 par. 1 ordynacji podatkowej. Przeksięgowanie kwoty spornej na konto nieistniejącego Przedsiębiorstwa nie pozbawia Spółki żądania zwrotu tej kwoty. Spółka, wbrew stanowisku Izby Skarbowej, nie była zobowiązana do zapłaty zaliczki na podatek za zlikwidowane Przedsiębiorstwo. Pomiędzy ww. podmiotami nie istnieje następstwo podatkowe. Urząd uznał ten fakt, bowiem nie zwrócił Spółce nadpłaty podatku dochodowego wykazanej w deklaracji końcowej zlikwidowanego Przedsiębiorstwa w kwocie 109.466 zł.