Nadpłatami są zarówno świadczenia podatkowe nadpłacone - tzn. gdy rzeczywiście dokonana wpłata jest wyższa niż należna kwota zobowiązania podatkowego, jak i nienależnie uiszczone - tzn. gdy podatnik świadczy kwotę pieniężną, mimo że nie jest do tego zobowiązany lub też gdy w chwili dokonania świadczenia istniał tytuł prawny, lecz został następnie uchylony.
Powstanie nadpłaty ma charakter obiektywny.
Zaskarżona decyzją z dnia 17 października 1997 r. Izba Skarbowa, na podstawie art. 138 par. 1 Kpa, po rozpatrzeniu odwołania "M." S.A. od decyzji Urzędu Skarbowego z dnia 24 lipca 1997 r. w sprawie odmowy zwrotu odsetek od nadpłaconego przez Spółkę podatku dochodowego od osób prawnych za rok 1990 - utrzymała w mocy decyzje organu I instancji.
Izba Skarbowa w motywach swego rozstrzygnięcia podała, iż PPM "M." Sp. z o.o. w dniu 1 lipca 1991 r. złożyło zeznanie ostateczne o wysokości dochodu osiągniętego w 1990 r. Wraz z zeznaniem tym złożono bilans na 31 grudnia 1990 r., rachunek wyników za okres 1.01.-31.12.1990 r. oraz opinie biegłego księgowego o prawidłowości sprawozdania finansowego za 1990 r.
W dniu 21.12.1995 r. w trybie przewidzianym art. 491-497 Kh powstała Spółka Akcyjna "M.", będąca następcą prawnym Spółki z o.o.
W wyniku kontroli podatkowej przeprowadzonej w Oddziale firmy w Niemczech w 1996 r. Urząd Finansowy Kolonia - Południe dokonał rozliczenia podatku od osób prawnych za 1990 r., opodatkowując uzyskane tam dochody.
W związku z tym Spółka w dniu 12 września 1996 r. wystąpiła do organu podatkowego o wydanie decyzji ustalającej wysokość nadpłaty w podatku dochodowym i obrotowym za 1990 r. oraz o zaliczenie nadpłaty na bieżące zobowiązania podatkowe Spółki.
Wraz z wnioskiem Spółka złożyła zeznanie korygujące za 1990 r., w którym wykazała nadpłatę w podatku dochodowym w kwocie równej wysokości należnego według zeznania złożonego w ustawowym terminie podatku /367.451,68 zł/. Zeznanie to zostało uznane za rzetelne.
Podatek w wysokości nie zarachowanej na bieżące zobowiązania podatkowe, został zwrócony Spółce w dniu 11 grudnia 1996 r. w wysokości 256.462,18 zł.
Pismem z dnia 4 stycznia 1997 r. pełnomocnik Spółki zwrócił się do organu podatkowego o wypłacenie należnych odsetek od nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 1990 r. Organ I instancji odmówił żądaniu Spółki.
Nie zgadzając się z tym rozstrzygnięciem podatnik wniósł odwołanie, w którym zarzucił mu naruszenie konstytucyjnej zasady równości wobec prawa oraz art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych.
W 1991 r. tj. w dacie powstania nadpłaty, Spółka nie zalegała w zapłacie podatków, w związku z czym nadpłata powinna zostać zwrócona z urzędu.
Nadpłata nie zwrócona z urzędu podlega oprocentowaniu od dnia jej powstania, którym w niniejszej sprawie jest dzień 1 lipca 1991 r. Powołując się na treść art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych oraz orzecznictwo SN i NSA w kwestii różnicy między decyzją ustalającą i określającą zobowiązanie podatkowe pełnomocnik przytaczał argumenty mające uzasadniać oprocentowanie nadpłaty przed 1 stycznia 1994 r. Winą za niezwrócenie podatku w terminie 3 miesięcy obarczył organ podatkowy, który był zobowiązany do wydania decyzji określającej podatek w prawidłowej wysokości.