Wstrzymanie wykonania decyzji nie uchyla obowiązku uiszczenia zaległości podatkowej i odsetek, a jedynie wstrzymywało wymagalność płatności do momentu zakończenia etapu wstrzymania wykonalności decyzji.
Wpłaty dokonywane pomimo wstrzymania wykonania decyzji na poczet zaległości podatkowych, nie były nadpłatami, ponieważ i w tym okresie zaległości podatkowe istniały, choć nie były wymagalne.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Marka G. na postanowienie Izby Skarbowej w L. Ośrodka Zamiejscowego w Z. z dnia 27 listopada 2000 r. (...) w przedmiocie zaliczenia wpłat na poczet zaległości podatkowych - skargę oddala.
Zaskarżonym postanowieniem Izba Skarbowa w L. Ośrodek Zamiejscowy w Z., po rozpoznaniu zażalenia Marka G. na postanowienie Urzędu Skarbowego w Z. z dnia 13 lipca 2000 r. w sprawie zaliczenia wpłat dokonanych w okresie 21.06.1990 r. - 30.10.1995 r. na zaległość w podatkach obrotowym i dochodowym za 1990 r. oraz odsetki od tych zaległości, zaliczenia nadpłaty w podatku obrotowym na zaległość w podatku dochodowym za 1990 r. i odsetki oraz nadpłat w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1997 r. i 1998 r. na zaległość w podatku dochodowym za 1990 r. i odsetki od tej zaległości, uchyliła w części postanowienie Urzędu i zaliczyła nadpłatę w podatku obrotowym za 1990 r. w całości na zaległość w podatku dochodowym za 1990 r. zmieniając równocześnie zaliczenie nadpłat w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1997 r. i 1998 r. na zaległość w podatku dochodowym za 1990 r. i odsetki od tej zaległości.
W uzasadnieniu postanowienia Izba Skarbowa, ustosunkowując się do zarzutów zażalenia, wyjaśniła, że kwestia powstania zobowiązania w podatku dochodowym za 1990 r. z mocy prawa, a nie na skutek wydania decyzji wymierzającej należny podatek, była przedmiotem odrębnego postępowania kontrolującego legalność dokonanego wymiaru podatku.
Izba wskazała, że zgodnie z art. 21c ust. 1 i 3 ustawy o podatku dochodowym /Dz.U. 1989 nr 27 poz. 147 ze zm./ termin płatności tego zobowiązania upłynął w dniu 31 stycznia 1991 r. i nie mogło ono ulec przedawnieniu przed dniem 31 grudnia 1996 r. Powyższy przepis prawa materialnego przesądzał o deklaratoryjnym charakterze i wykluczał zastosowanie par. 13 ust. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 1989 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1990 Nr 1 poz. 4 ze zm./ tj. nie naliczania odsetek od zaległości za okres wstrzymania z mocy prawa wykonania decyzji organu pierwszej instancji, bowiem przepis ten odnosił się wyłącznie do decyzji konstytutywnych, ustalających wysokość zobowiązania podatkowego. Z tego względu prawidłowym było, w ocenie Izby, zaliczanie dokonanych w latach 1991-1994 wpłat podatkowych proporcjonalnie na należność główną i odsetki, a to stosownie do art. 27 ustawy o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./.
Zdaniem Izby, zmiana stanu prawnego po 1 lutym 1995 r., czyli po wejściu w życie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 stycznia 1995 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. nr 7 poz. 33 ze zm./ obligowała do respektowania unormowania zawartego w par. 11 ust. 6 tego rozporządzenia i nie naliczania odsetek od zaległości podatkowej w okresie wstrzymania wykonania decyzji z mocy prawa. Z tej przyczyny postanowienie Urzędu podlegało uchyleniu w części zaliczającej nadpłatę w podatku obrotowym na zaległość w podatku dochodowym i odsetki, powstałą na skutek wpłat dokonanych w okresie od 28 lutego 1995 r. do 30 października 1995 r. Zaskarżonym postanowieniem łączną kwotę wpłat dokonanych na poczet podatku obrotowego w tym okresie zaliczono na należność główną tj. podatek dochodowy za 1990 r., a to wobec niekwestionowanego ustalenia, że wpłata dokonana w dniu 30 listopada 1994 r. spowodowała wygaśniecie zobowiązania w podatku obrotowym za 1990 r. W związku ze zmniejszeniem należności w podatku dochodowym za 1990 r. w postępowaniu zażaleniowym, zmianie uległo również rozliczenie nadpłat w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1997 i 1998 rok proporcjonalnie na zaległość w podatku dochodowym za 1990 r. i odsetki od tej zaległości.