1. O zobowiązaniach spółki można mówić dopiero od dnia wpisu do rejestru handlowego. W okresie do uzyskania wpisu spółka nie mogła się zobowiązać do ponoszenia kosztów prac określanych jako inwestycyjne.
2. Z odrębności /autonomii/ przepisów prawa podatkowego wynika między innymi, że ocenie organów podatkowych podlegają skutki podatkowe zawieranych umów. Odmiennie niż w prawie prywatnym /cywilnym/ w sferze publicznego prawa podatkowego stosuje się regułę, iż dozwolone jest jedynie to, co wynika z przepisu podatkowego. Twierdzenie to nie przeczy ani zasadzie swobody umów, ani konieczności skutecznego prowadzenia działalności gospodarczej.
Urząd Skarbowy przeprowadził w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością A. z siedzibą w Ż. kontrolę źródłową w zakresie prawidłowości ustalenia przez podatnika kwot podatku od towarów i usług za październik, listopad i grudzień 1995 r.
W wyniku przeprowadzonej kontroli Urząd Skarbowy określił inne kwoty niż te które wynikły z deklaracji składanych przez spółkę.
Uzasadnieniem takiego stanowiska była odmowa możliwości poniesienia wydatków związanych z remontem bądź przygotowaniem do użytkowania wynajmowanych obiektów. Spółka A. od dnia 1 września 1995 r. poddzierżawią od Spółki R. nieruchomość położoną w Ż. Spółka została zarejestrowana w dniu 10 lipca 1995 r. Dnia 31 sierpnia 1995 r. została zawarta umowa poddzierżawy pomiędzy spółką R. a skarżącą, zgodnie z którą A. otrzymała do używania nieruchomości znajdujące się w posiadaniu R. z tytułu umowy dzierżawy zawartej z gminą Ż. Umowa została zawarta na wstępny okres 5 lat z możliwością automatycznego przedłużenia na kolejne 12 miesięcy. Strony ustaliły czynsz z tytułu używania tych nieruchomości na kwotę 23.500 zł miesięcznie.
Urząd Skarbowy podniósł zarzuty, że niektóre z prac wykonanych przez R. były zlecone jeszcze zanim spółka A. została zarejestrowana, a dopiero następnie refakturowane.
Strona skarżąca stwierdziła, że R. przeprowadził na jej zlecenie szereg prac, które dostosują dzierżawiony obiekt do potrzeb prowadzonej przez nią działalności.
Wydatki poniesione przez R. /kooperanta Spółki/ a następnie refakturowane na A. nie powinny stanowić - zdaniem organu podatkowego - kosztów uzyskania przychodu spółki.
Po przeprowadzeniu kontroli Urząd Skarbowy w Ż. wydał decyzje zawierające wymiar podatku od towarów i usług za wskazane poprzednio miesiące. Decyzje te następnie w wyniku odwołania złożonego przez skarżącą spółkę zostały uchylone przez Izbę Skarbową w trybie art. 138 par. 2 Kpa.
Po przeprowadzeniu dodatkowego postępowania wyjaśniającego Urząd Skarbowy wydał w dniu 27 lutego 1997 r. decyzję, w której dokonał wymiaru zobowiązań z tytułu podatku od towarów i usług za okres październik - grudzień 1995 r.
Od decyzji tej zostało złożone odwołanie, w którym spółka A. powtórzyła argumenty podnoszone w dotychczasowym postępowaniu. Spółka podniosła, że pomieszczenia wydzierżawione od R. nadawały się do użytku w momencie ich przejęcia przedmiotem umowy były bowiem wśród nich pomieszczenia biurowe i oddzielnie hala produkcyjna, a także niezbędna infrastruktura, jak również drogi, bramy.
Jednakże ze względu na szczególne warunki wymagane przy prowadzeniu działalności spółki należało przeprowadzić prace, dostosowujących dzierżawiony obiekt do specyficznych potrzeb spółki. Przykładowo wskazano wykonanie prac takich jak:
- wylanie w hali produkcyjnej fundamentu betonowego o głębokości 10 metrów,
- zainstalowanie w hali produkcyjnej pomieszczeń biurowych wraz z niezbędną infrastrukturą,
Przebudowa nie była spowodowana tym, że w ogóle nie miała pomieszczeń biurowych, ponieważ takie pomieszczenia były udostępnione zgodnie z umową. Przeprowadzono wiele innych zmian i modernizacji wynikających bądź ze szczególnych potrzeb spółki, bądź z tego, że A. wymagała urządzeń o innych standardach niż to było przyjęte i wystarczające dla R.