Skoro spółka zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów 1992 r. nie pokrytą w tym roku odszkodowaniem z ubezpieczenia część strat w środkach obrotowych, a następnie w 1994 r. uzyskała odszkodowanie pokrywające tę część strat, to obowiązkiem spółki było dokonanie korekty zeznania podatkowego za 1992 r. przez odpowiednie zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów /o tę część strat zaliczonych do kosztów w 1992 r., która została pokryta odszkodowaniem otrzymanym w 1994 r./.
Otrzymanie odszkodowania w 1994 r. pokrywającego stratę w części zaliczonej uprzednio do kosztów uzyskania przychodów 1992 r. spowodowało stan, w którym strata ta nie może być uznawana za koszt uzyskania przychodów.
Spółka Akcyjna "L.-I." w Ł. w 1992 r. poniosła straty w środkach obrotowych na skutek zalania wodą pomieszczeń magazynowych oszacowane na kwotę 57.944,11 zł, z czego PZU w tym samym roku wypłacił część odszkodowania, tj. 28.954,05 zł. Pozostałą część odszkodowania, tzn. 28.990,06 zł, która była sporna, Spółka zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów 1992 r. Część tę Spółka otrzymała dopiero w listopadzie 1994 r. w wyniku ugody sądowej.
Początkowo organy podatkowe otrzymane w 1994 r. odszkodowanie zaliczyły do przychodów 1994 r., w związku z czym skorygowały wysokość zaliczek na podatek dochodowy za listopad i grudzień 1994 r. Jednakże decyzja Izby Skarbowej z dnia 11 maja 1995 r. /utrzymująca w mocy decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 6 lutego 1995 r./ w tej sprawie została uchylona wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 28 czerwca 1996 r., SA/Ł 1343/95. Sąd uznał, że uchylona decyzja dotyczy zaliczek za 1994 r., zaś wysokość podatku za 1992 r. nie jest objęta kognicją sądu w tej sprawie, a rozliczenia za 1992 r. nie mają znaczenia dla decyzji dotyczącej podatku dochodowego za 1994 r., natomiast odszkodowania otrzymane m.in. na podstawie przepisów prawa cywilnego zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 12 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych są wolne od podatku.
W związku z powyższym w dniu 15 stycznia 1998 r. zostało wszczęte z urzędu postępowanie podatkowe w sprawie określenia Spółce zaległości w podatku dochodowym za 1992 r., w wyniku którego Pierwszy Urząd Skarbowy Ł.-B. w decyzji z dnia 5 lutego 1998 r określił tę zaległość na kwotę 11596 zł oraz odsetki za zwłokę na dzień wydania decyzji w kwocie 33429,70 zł.
Izba Skarbowa w Ł. - po rozpatrzeniu odwołania Spółki - decyzją z dnia 3 kwietnia 1998 r. uchyliła decyzję Urzędu Skarbowego w części dotyczącej wymiaru odsetek i zmniejszyła określone tą decyzją należne odsetki za zwłokę wyliczone na dzień wydania decyzji przez organ I instancji do kwoty 20.246,20 zł, a w pozostałej części, tj. dotyczącej zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1992 r. utrzymała decyzję w mocy. W uzasadnieniu Izba Skarbowa stwierdziła, że działanie Spółki w 1992 r. nie było prawidłowe, bowiem fakt skierowania sprawy na drogę sądową przeciwko PZU o wypłacenie drugiej części odszkodowania nie stanowił podstawy do odpisania tej straty bezpośrednio w koszty uzyskania przychodu. Jednak z chwilą otrzymania odszkodowania, Spółka była obowiązana - stosownie do art. 15 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 21 poz. 86 ze zm./ - do skorygowania /zmniejszenia/ kosztów uzyskania przychodów w 1992 r. o kwotę 28.990,06 zł i do złożenia korekty zeznania CIT-8 za 1992 r. Zasada wyrażona w powołanym przepisie oznacza bowiem, że w przypadku, gdy ponoszący stratę otrzyma odszkodowanie z tytułu ubezpieczenia, to w części tej strata nie jest kosztem uzyskania przychodów. Ponieważ Spółka nie zmniejszyła kosztów uzyskania przychodów 1992 r. z tytułu otrzymanego w 1994 r. odszkodowania, to w rezultacie wykazany dochód za 1992 r. został zaniżony o 28.990,06 zł i odpowiednio podatek dochodowy o 11.596 zł. Za niezasadny uznano zarzut Spółki naruszenia art. 121 par. 1 Ordynacji podatkowej, ponieważ w toczącym się postępowaniu organy podatkowe współdziałały ze Spółką i zapewniły jawność tego postępowania. Tak samo jak i pogląd Spółki, że na podstawie przytoczonego wyroku NSA z dnia 28 czerwca 1996 r. można dowodzić, jakoby sprawa została definitywnie załatwiona. Sąd bowiem jednoznacznie podkreślił, że wysokość podatku za 1992 r. nie była przedmiotem sporu w zaskarżonej sprawie, a zatem nie rozpatrzył związku otrzymanego w 1994 r. odszkodowania z przepisem art. 15 ust. 2 pkt 2 ustawy. Izba Skarbowa nie podzieliła też zarzutu Spółki, że odsetki za zwłokę są skutkiem przewlekłego prowadzenia postępowania przez Urząd Skarbowy. Skoro Spółka nie dokonała korekty zeznania CIT-8 za 1992 r. i nie wpłaciła z tego tytułu należnego podatku, to stosownie do art. 53 par. 1 Ordynacji podatkowej są pobierane odsetki za zwłokę. Jednak Izba Skarbowa nie podzieliła stanowiska Urzędu Skarbowego, że odsetki za zwłokę powinny być liczone od 1 kwietnia 1993 r., tj. od następnego dnia po ustawowym terminie złożenia zeznania wstępnego CIT-8 za 1992 r. Bowiem w związku z tym, że wypłata spornego odszkodowania przez PZU nastąpiła w listopadzie 1994 r., za termin płatności podatku należy przyjąć 30 listopada 1994 r., a odsetki za zwłokę są liczone od następnego dnia po upływie terminu, tj. od 1 grudnia 1994 r.