Pismem z dnia 29 stycznia 2015 r. spółka wezwała Naczelnika Urzędu Skarbowego Ł.-P. do usunięcia naruszenia prawa polegającego na nieuzasadnionym przedłużaniu terminów zwrotu podatku wynikającego z deklaracji VAT-7. W piśmie z dnia 5 marca 2015 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego Ł.-P. uznał złożone wezwanie za bezzasadne.
W skardze na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Ł.-P. z dnia [...]r. spółka A wniosła o jego uchylenie podnosząc zarzuty naruszenia art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz art. 121 § 1, art. 122, art. 125 § 1 art. 187 § 1 a także art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749, ze zm., dalej "O.p.").
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że prawo do odzyskania nadwyżki podatku naliczonego nad należnym stanowi jedno z elementarnych uprawnień podatnika VAT. Przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT to instytucja o charakterze wyjątkowym i przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT musi być interpretowany ściśle. Organ powinien wykazać zobiektywizowane wątpliwości co do tego, że taki zwrot podatnikowi rzeczywiście przysługuje. Zdaniem strony skarżącej zapytania do organów administracji podatkowej właściwej dla kontrahentów unijnych na które powołuje się organ dotyczyły okresu od stycznia do maja 2013 r., a zatem w ogóle nie obejmuje stycznia 2014 r. Przesłanka "istnienia wątpliwości co do zasadności zwrotu" musi być przez organ częściowo wykazana w uzasadnieniu postanowienia.
Zaskarżone postanowienie nie spełnia powyższych standardów. Organ podatkowy w istocie nie precyzuje, jakie powziął wątpliwości związane z kwestią zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i nie wskazał jakichkolwiek merytorycznych powodów odmowy dokonania zwrotu podatku VAT. Przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT jedynie na podstawie samego faktu wykazania nadwyżki podatku do zwrotu jest niedopuszczalne. Organ podatkowy wydając zaskarżone postanowienie nie wykazał, że dalsza weryfikacja zwrotu za wnioskowany okres jest zasadna. Zwłaszcza powoływanie się na zapytania dotyczące okresu od stycznia do maja 2013 r. nie może zdaniem strony stanowić uzasadnienia dla przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej za styczeń 2014 r. W dniu wydania zaskarżonego postanowienia upłynęło już około 8 miesięcy od momentu wykazania nadwyżki podatku do zwrotu. W ocenie skarżącej organ podatkowy naruszył zasady szybkości postępowania, zaufania do organów podatkowych, prawdy obiektywnej, a także art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 O.p. poprzez brak uzasadnienia faktycznego i prawnego wydanego postanowienia.
W odpowiedzi na skargę Naczelnik Urzędu Skarbowego Ł.-P. wniósł o jej oddalenie wskazując na odpowiedzi uzyskane od administracji podatkowych odpowiednich krajów UE i ustalenia dokonane w postępowaniu kontrolnym.
W piśmie procesowym z dnia 13 sierpnia 2015 r. strona skarżąca podniosła dodatkowo, że odpowiedź na skargę nie może zastąpić prawidłowo sporządzonego uzasadnienia postanowienia. W ocenie spółki okoliczności dotyczące jej kontrahentów przedstawione w odpowiedzi na skargę nie mogą stanowić podstawy do przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT.