W toku czynności kontrolnych stwierdzono, że konieczne jest przeprowadzenie czynności wyjaśniających w zakresie dostaw wewnątrzwspólnotowych, importu usług, nabycia towarów i usług na terenie kraju oraz nabyć wewnątrzwspólnotowych towarów za okres od stycznia do maja 2013 r. W trakcie kontroli za ww. miesiąc w dniach od 2 do 12 lipca 2013 r. . Naczelnik Urzędu Skarbowego Ł. - P. skierował zapytania do organów administracji podatkowej właściwej dla kontrahentów unijnych o weryfikację zawieranych transakcji WNT i WDT w okresie od stycznia do maja 2013 r. Do dnia wydania kwestionowanego postanowienia nie otrzymano wszystkich odpowiedzi. Zdaniem organu zebrany dotychczas w toku kontroli materiał nie pozwalał w ocenie organu jednoznacznie stwierdzić, czy wykazany w deklaracjach VAT-7 za wrzesień i października 2013 r. zwrot podatku jest zasadny.
Pismem z dnia 29 stycznia 2015 r. spółka wezwała Naczelnika Urzędu Skarbowego Ł.-P. do usunięcia naruszenia prawa polegającego na nieuzasadnionym przedłużaniu terminów zwrotu podatku wynikającego z deklaracji VAT-7. W piśmie z dnia 5 marca 2015 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego Ł.-P. uznał złożone wezwanie za bezzasadne.
W skardze na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Ł.-P. z dnia [...]r. spółka A wniosła o jego uchylenie podnosząc zarzuty naruszenia art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz art. 121 § 1, art. 122, art. 125 § 1 art. 187 § 1 a także art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749, ze zm., dalej "O.p.").
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że prawo do odzyskania nadwyżki podatku naliczonego nad należnym stanowi jedno z elementarnych uprawnień podatnika VAT. Przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT to instytucja o charakterze wyjątkowym i przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT musi być interpretowany ściśle. Organ powinien wykazać zobiektywizowane wątpliwości co do tego, że taki zwrot podatnikowi rzeczywiście przysługuje. Zdaniem strony skarżącej zapytania do organów administracji podatkowej właściwej dla kontrahentów unijnych na które powołuje się organ dotyczyły okresu od stycznia do maja 2013 r., a zatem w ogóle nie obejmuje miesięcy wrzesień-październik 2013 r. Przesłanka "istnienia wątpliwości co do zasadności zwrotu" musi być przez organ częściowo wykazana w uzasadnieniu postanowienia.
Zaskarżone postanowienie nie spełnia powyższych standardów. Organ podatkowy w istocie nie precyzuje, jakie powziął wątpliwości związane z kwestią zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i nie wskazał jakichkolwiek merytorycznych powodów odmowy dokonania zwrotu podatku VAT. Przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT jedynie na podstawie samego faktu wykazania nadwyżki podatku do zwrotu jest niedopuszczalne. Organ podatkowy wydając zaskarżone postanowienie nie wykazał, że dalsza weryfikacja zwrotu za wnioskowany okres jest zasadna. Zwłaszcza powoływanie się na zapytania dotyczące okresu od stycznia do maja 2013 r. nie może zdaniem strony stanowić uzasadnienia dla przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej za wrzesień i październik 2013 r. W dniu wydania zaskarżonego postanowienia upłynął już niemal rok od momentu wykazania nadwyżki podatku do zwrotu. W ocenie skarżącej organ podatkowy naruszył zasady szybkości postępowania, zaufania do organów podatkowych, prawdy obiektywnej, a także art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 O.p. poprzez brak uzasadnienia faktycznego i prawnego wydanego postanowienia.