Dnia 9 lutego 2021 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi - Wydział I w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Cezary Koziński Sędziowie: Sędzia WSA Joanna Grzegorczyk - Drozda Sędzia NSA Paweł Janicki (spr.) po rozpoznaniu na posiedzeniu niejawnym w dniu 9 lutego 2021 r. sprawy ze skargi A spółki z ograniczoną odpowiedzialnością spółki komandytowej z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Ł. z dnia [...] 2020 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia [...] Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Ł. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Ł. z dnia [... odmawiającą A spółce z o.o. spółce komandytowej stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 138.027 zł.
Organ przedstawiając okoliczności stanu faktycznego wskazał, że w dniu 12 czerwca 2018 r. poprzez przekształcenie przedsiębiorcy będącego osobą fizyczną, wykonującego działalność gospodarczą pod nazwą Przedsiębiorstwo Handlowe B, powstała spółka o nazwie Przedsiębiorstwo Handlowe C Sp. z o. o. W wyniku tego przekształcenia do spółki z o.o. został wniesiony majątek przedsiębiorcy przekształcanego o wartości 28.605.369,29 zł, w zamian za udziały o wartości nominalnej 1 .000.000 zł. Od tej czynności cywilnoprawnej płatnik (notariusz) pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych według stawki 0,5%, tj. 4.972 zł, obliczony od kwoty 994.369,30 zł).
W dni 19 marca 2020 r., w wyniku przekształcenia Przedsiębiorstwa Handlowego C Spółka z o. o., powstała spółka komandytowa pod nazwą A Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością spółka komandytowa". Majątek spółki o nazwie Przedsiębiorstwo Handlowe C Sp. z o. o. stał się majątkiem spółki komandytowej, a jego wartość bilansowa ustalona została na kwotę 34.647.186,83 zł. Od tej czynności został pobrany podatek od czynności cywilnoprawnych według stawki 0,5% w kwocie 168.236 zł. Notariusz przyjął za podstawę opodatkowania różnicę pomiędzy wartością bilansową przedsiębiorstwa wynoszącą 34.647.168,83 zł, a wartością uprzednio opodatkowanego wkładu w kwocie 1.000.000 zł, tj. kwotę 33.647.186,83 zł.
Wnioskiem z dnia 24 kwietnia 2020 r. strona skarżąca wystąpiła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Ł. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 138.027 zł, pobranego przez płatnika w związku z przekształceniem spółki w spółkę komandytową.
Organ odwoławczy wyjaśnił dalej, że jako podstawę do stwierdzenia nadpłaty spółka wskazała art. 75 § l ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 - dalej O.p.). Uzasadniając wniosek spółka wywiodła, iż czynność przekształcenia spółki z o. o. w spółkę komandytową powinna być zwolniona z podatku od czynności cywilnoprawnych w części wartości wkładów do spółki komandytowej pochodzących z kapitału zapasowego spółki z o. o., który z kolei pochodził z nadwyżki wartości bilansowej majątku przedsiębiorstwa przedsiębiorcy przekształcanego ponad wartość nominalną udziałów, wydanych przedsiębiorcy przekształcanemu przy przekształceniu osoby fizycznej prowadzącej jednoosobową działalność gospodarczą w spółkę z o. o., na podstawie art. 9 pkt 11 lit. a) ustawy z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jednolity: Dz. U. z 2020 r. poz. 815 - dalej u.p.c.c.), jako wartość wkładów, od których zgodnie z u.p.c.c. podatek nie został pobrany przy przekształceniu osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą w spółkę z o. o.