W sprawach podatku od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy jest właściwy urząd skarbowy, obejmujący swoim terytorialnym zasięgiem działania miejsce wykonywania przez podatnika czynności podlegających opodatkowaniu w tym okresie rozliczeniowym, a w razie wykonywania czynności na obszarze działania dwóch lub więcej urzędów skarbowych -urząd skarbowy, na którego obszarze działania podatnik miał siedzibę /miejsce zamieszkania/ w tym okresie rozliczeniowym. Zmiana miejsca wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu ani zmiana siedziby /miejsca zamieszkania/ podatnika dokonane po upływie okresu rozliczeniowego nie powodują zmiany właściwości miejscowej urzędu skarbowego w sprawie podatku od towarów i usług za ten okres /art. 4 pkt 10 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "KL" Spółka Akcyjna /poprzednio: "SCP" Spółka Akcyjna/ w B. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. Ośrodek Zamiejscowy w P.-T. z dnia 12 stycznia 2001 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za październik 1998 r. - stwierdza nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzających ją decyzji Urzędu Skarbowego w P.-T. z dnia 12 października 2001 r. (...) i Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w W. z dnia 26 maja 1999 r. (...), a także decyzji Izby Skarbowej z dnia 19 marca 2001 r. (...) odmawiającej uzupełnienia rozstrzygnięcia decyzji zaskarżonej z dnia 12 stycznia 2001 r.
Decyzją z dnia 26 maja 1999 r. Inspektor Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w W., powołując się na art. 31 ustawy o kontroli skarbowej i art. 208 par. 1 Ordynacji podatkowej, umorzył postępowanie kontrolne w sprawie określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za październik 1998 r. dla Spółki Akcyjnej "SCP" w B. W uzasadnieniu podano, że w dniach 26.01.- 12.02.1999 r. została przeprowadzona kontrola w zakresie prawidłowości rozliczenia z budżetem podatku od towarów i usług, w czasie której ustalono, że w deklaracji VAT-7 za październik 1998 r. kontrolowana Spółka ujęła zakupy towarów i usług od ZPCh Renata M. w kwotach przekraczających 3.000 ECU, które do dnia kontroli nie zostały zapłacone, w związku z czym nie mogły stanowić podstawy obniżenia podatku należnego. W dniu 26 lutego 1999 r. została wydana decyzja określająca nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za październik 1998 r. w kwocie 40.987 zł; nie uwzględniono w niej podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupu od ZPCh R. M., które do dnia kontroli nie były zapłacone. Decyzja ta została uchylona w całości przez Izbę Skarbową w W. 27 kwietnia 1999 r. W dniu 13 kwietnia 1999 r. zmieniono siedzibę Spółki. Obecnie prowadzi ona działalność w P.-T. i jest wpisana do rejestru sądowego w P.-T. Ustalono ponadto, że w dniu 8 kwietnia 1999 r. kontrolowana Spółka zapłaciła za pośrednictwem banku za faktury wystawione przez ZPCh R. M. ujęte w deklaracji VAT-7 za październik 1998 r. i złożyła w kwietniu 1999 r. korektę deklaracji za październik 1998 r. w Urzędzie Skarbowym w B.
Następnie po przeprowadzeniu w sierpniu 1999 r. kontroli podatkowej w Spółce, Urząd Skarbowy w P.-T. postanowieniem z dnia 6 stycznia 2000 r. wszczął z urzędu postępowanie podatkowe w sprawie podatku od towarów i usług za październik 1998 r.
W trakcie tego postępowania Spółka znowu zmieniła siedzibę; postanowieniem Sądu Rejonowego w P.-T. z dnia 25 lutego 2000 r. dokonano zmiany wpisu w rejestrze handlowym, wpisując jako siedzibę Spółki - ponownie B. W związku z powyższym doszło do sporu o właściwość miejscową między urzędami skarbowymi w P.-T. i B., który został rozstrzygnięty przez Ministra Finansów. W rozstrzygnięciu z dnia 1 września 2000 r. Minister stwierdził, że do zakończenia postępowania podatkowego za okres m.in. października 1998 r. właściwy jest Urząd Skarbowy w P.-T.
Następnie decyzją z dnia 12 października 2000 r. Urząd Skarbowy w P.-T. określił Spółce za październik 1998 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym podlegającą zwrotowi w kwocie 33.814 zł i ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w kwocie 23.139 zł.
Izba Skarbowa w Ł. decyzją z dnia 12 stycznia 2001 r. - po rozpatrzeniu odwołania od wymienionej decyzji Urzędu Skarbowego - na podstawie art. 233 par. 2 Ordynacji podatkowej uchyliła tę decyzję w całości i przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji z powodu konieczności przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w znacznej części. A następnie decyzją z dnia 19 marca 2001 r. - po rozpatrzeniu wniosku Spółki o uzupełnienie rozstrzygnięcia w zakresie zaskarżonych w odwołaniu postanowień - odmówiła uzupełnienia.