Przepis art. 54 par. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ - wiąże nienaliczanie odsetek za zwłokę z nierozpatrzeniem odwołania w terminie, a nie z wydaniem decyzji organu odwoławczego o określonej treści /wadliwej lub niewadliwej/.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Janusza M. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. Ośrodek Zamiejscowy w P.-T. z dnia 12 września 2001 r. (...) w przedmiocie rozłożenia na raty zaległości w podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Decyzją z dnia 20 czerwca 2001 r. Urząd Skarbowy rozłożył na 7 rat zapłatę zaległości podatkowej Janusza M. w podatku od towarów i usług wraz z odsetkami za zwłokę.
W odwołaniu pełnomocnik Janusza M. nie kwestionował ilości rat, na które rozłożono zapłatę zaległości podatkowej i odsetek za zwłokę, natomiast zarzucił, że wysokość odsetek została wyliczona bez uwzględnienia okresów, za które nie nalicza się ich stosownie do art. 54 Ordynacji podatkowej. Podniósł, że decyzją Izby Skarbowej z 26 czerwca 1997 r. została utrzymana w mocy decyzja Urzędu Skarbowego z 17 lutego 1997 r. określająca zobowiązanie w podatku od towarów i usług. Jednak decyzja Izby Skarbowej została uchylona przez NSA /wyrokiem z dnia 2 lipca 1999 r./, wobec czego należy przyjąć, że odwołanie podatnika z 30 kwietnia 1997 r. /od decyzji z 17 lutego 1997 r./ pozostało bez rozpoznania, a tym samym biegły terminy z art. 54 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Zatem brak było podstaw do naliczania odsetek od 1 sierpnia 1997 r. /upływ trzymiesięcznego terminu/ do dnia 16 grudnia 1999 r. /data doręczenia decyzji Izby Skarbowej wydanej po wyroku NSA/. W związku z powyższym wniesiono o wydanie decyzji ratalnej z uwzględnieniem prawidłowo wyliczonych kwot.
Decyzją z dnia 12 września 2001 r. Izba Skarbowa w Ł. utrzymała w mocy wymienioną decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 20 czerwca 2001 r. W ocenie Izby, terminy rozpatrzenia odwołania zostały dotrzymane na każdym etapie postępowania podatkowego. Uchylenie przez NSA decyzji Izby Skarbowej z 26 czerwca 1997 r. miało znaczenie dla określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego, natomiast odsetki są naliczane od dnia powstania obowiązku podatkowego. Przepis art. 54 Ordynacji ma jedynie zastosowanie w sytuacjach niezachowania terminów przez organy podatkowe, a nie w wyniku uchylenia decyzji przez NSA.
W skardze do sądu administracyjnego zarzucono naruszenie art. 54 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Strona skarżąca podniosła, że "rozpatrzenie sprawy w terminie" nie może oznaczać "jakiegokolwiek rozpatrzenia sprawy", w szczególności zaś rozpatrzenia /rozstrzygnięcia/ wadliwego na tyle, że będąca jego nośnikiem decyzja została wyeliminowana z obrotu prawnego przez NSA. Podatnik w związku z wniesieniem zasadnego odwołania, a następnie poddaniem kontroli sądowoadministracyjnej wadliwego rozstrzygnięcia dotknięty byłby swoistą sankcją /dodatkową opłatą/ w wymiarze znacznie przekraczającym wysokość zobowiązania podatkowego. Ponadto powołał się na zmianę od dnia 1 stycznia 2003 r. art. 54 Ordynacji podatkowej przez dodanie nowego par. 3 /w głosie do protokołu rozprawy/.