Jeżeli spółka w chwili dokonywania zakupów towarów przeznaczonych do prowadzenia jej własnej działalności gospodarczej poniosła określone wydatki związane z zakupem wydatki te podlegały - zgodnie z zasadą wynikającą z art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ - zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów, to brak jest podstaw do uznania, że spółka utraciła później, z chwilą przekazania nabytych towarów jako aportu do nowej spółki, prawo do zaliczenia odpisanych wcześniej kosztów do kosztów uzyskania przychodów.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi "B." spółki z o.o. w L. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 3 stycznia 1997 r. w przedmiocie wymiaru podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 ust. 2 pkt 1 i 3 oraz art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, a także zasądził od Izby Skarbowej na rzecz spółki dwa tysiące siedemdziesiąt dziewięć złotych pięćdziesiąt groszy tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Urząd Skarbowy w L., po rozpatrzeniu złożonego przez spółkę z o.o. "B." w L. żądania skierowania na drogę postępowania podatkowego sprawy z wyniku kontroli, sporządzonego przez inspektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W., decyzją z dnia 28 sierpnia 1996 r. nr PDP-732/3/20/96 określił dla spółki podatek dochodowy od osób prawnych za 1994 r. w ogólnej wysokości 256 114,20 zł /po denominacji/, podwyższając o 20 340,80 zł podatek zadeklarowany zapłacony przez spółkę. W uzasadnieniu decyzji organ podatkowy, powołując się na art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./, stwierdził, że podatnik bezpodstawnie zaliczył do kosztów uzyskania przychodów wydatki związane z nabyciem towarów przekazanych w formie aportu do utworzonej w 1994 r. nowej spółki z o.o. "B.-B." z siedzibą w Ł. Ponieważ podatnik nie miał odpowiedniej ewidencji księgowej, na podstawie której można by wydzielić koszty związane z nabyciem towarów przekazanych jako aport rzeczowy, Urząd Skarbowy ustalił na podstawie art. 15 ust. 2 cytowanej ustawy wskaźnik udziału tych towarów w stosunku do wartości rozchodu towarów za rozpatrywany rok podatkowy wyliczył wydatki na sumę 50 851 zł; w tej sumie zostały one wyłączone z kosztów uzyskania przychodów.
W odwołaniu od powyższej decyzji pełnomocnik spółki, wnosząc o uchylenie decyzji w całości umorzenie postępowania instancji, ewentualnie o uchylenie decyzji z przekazaniem sprawy do ponownego rozpoznania, podniósł, że wydanie decyzji nastąpiło bez uprzedniego rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego, dotyczącego poprawności rozliczenia podatku od towarów usług związanego z przekazaniem aportu; niewłaściwie zostały zastosowane przepisy art. 15 ust. 2 art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, a decyzja została wydana z naruszeniem procedury administracyjnej, w szczególności art. 8, 9, 11 i 107 par. 3 Kpa. W odwołaniu podano, że jeżeli w myśl przepisów ustawy o podatku od towarów usług spółka "B." nie mogła obniżyć podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach zakupu towarów przeznaczonych jako aport, to zgodnie z par. 2 ust. 1 pkt 1 zarządzenia Ministra Finansów z dnia 27 sierpnia 1993 r. w sprawie zaniechania ustalania poboru podatku dochodowego od niektórych dochodów podatników podatku dochodowego /M.P. nr 44 poz. 435/ konieczne byłoby zaniechanie ustalania poboru podatku dochodowego od dochodu stanowiącego równowartość podatku naliczonego. Wyrażono pogląd, że w związku z tym, iż wniesienie aportu zostało dokonane w celu osiągnięcia przychodów z tytułu zysku w nowej spółce, to zgodnie z art. 15 ust. 1 cytowanej ustawy wszelkie wydatki związane z nabyciem towarów przekazanych jako aport mogły stanowić koszt uzyskania przychodów. Podniesiono także, iż z obowiązującego w 1994 r. art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy wynika, że za koszt uzyskania przychodów nie uważa się jedynie wydatków pieniężnych poniesionych na nabycie udziałów w spółce, dopiero od dnia 1 stycznia 1996 r., mocą nowego przepisu art. 16 ust. 1 pkt 8a ustawy, wprowadzono wyłączenie wartości udziałów objętych w zamian za wkład niepieniężny.