Nie znajduje logicznego, racjonalnego, w tym zwłaszcza ekonomicznego uzasadnienia zaciąganie pożyczek znacznych kwot na warunkach rażąco gorszych od istniejących w obrocie bankowym albo dokonywanie zakupu obligacji czy akcji nie będących w obrocie publicznym za niewielką kwotę, a następnie ich sprzedaż w tym samym dniu /lub w niewielkim odstępie czasu/ po cenie kilkasetkrotnie wyższej od ceny zakupu lub też zawieranie transakcji odwrotnych. Z powyższych względów należy zgodzić się z organami podatkowymi, że przedmiotowe czynności, jako "mające na celu obejście ustawy" w rozumieniu art. 58 par. 1 Kc, nie mogą wywoływać żadnych skutków podatkowych, w związku z czym przy wymiarze należnego podatku dochodowego nie zostały uwzględnione osiągnięte przychody i koszty uzyskania przychodów.
Zaskarżoną do Naczelnego Sądu Administracyjnego decyzją Izba Skarbowa, po rozpatrzeniu odwołania Ośrodka Badawczo-Rozwojowego Przemysłu Rafineryjnego utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 29.09.1997 r., którą z powołaniem się na art. 104 Kpa, art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ oraz przepisy ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ określono dla strony należny podatek dochodowy za 1994 rok w wysokości 2.622.059 zł /po denominacji/ oraz za rok 1995 w kwocie 1.743.217 zł.
W uzasadnieniach wydanych decyzji organy podatkowe powołały się na ustalenia dokonane w czasie przeprowadzonych w Ośrodku Badawczo-Rozwojowym w 1996 r. przez pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej dwóch kontroli skarbowych, z których według organów wynika, że podatnik w latach 1994-1995 zaniżył należny podatek dochodowy przez przerzucenie z naruszeniem art. 11 ust. 2, 3 i 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych części dochodu na rzecz Fundacji "P.", a także zawyżył koszty uzyskania przychodów z tytułu wykonania zawartych ze spółkami z o.o. "P." i "S." w W. oraz innymi podmiotami umów cywilnoprawnych związanych z obrotem papierami wartościowymi.
W zakresie pierwszej kwestii, będącej przedmiotem dalszego sporu organy podatkowe uznały, że pomiędzy podatnikiem a Fundacją "P." istniało ścisłe powiązanie gospodarcze oraz osobowe wynikające ze stosunków pracy, albowiem Fundacja została utworzona przez kilku pracowników Ośrodka Badawczo-Rozwojowego, którzy jednocześnie pełnili kierownicze stanowiska w obu jednostkach. Stwierdzono, że w ramach istniejących powiązań Fundacja dokonała w latach 1994 - 1995 zakupu w Centrali "C." znacznych ilości płynu etylowego, który w całości był nabywany przez Ośrodek Badawczo-Rozwojowy za cenę zwiększoną o marżę 20 procent. Z ustaleń organów skarbowych wynika, że Fundacja nie miała warunków do prowadzenia tego rodzaju działalności gospodarczej, gdyż w szczególności nie posiadała żadnych magazynów, a przedmiotowe transakcje były dokonywane przez pracownika Ośrodka, zatrudnionego w Fundacji na umowę zlecenia i zakupiony towar był odbierany na bocznicy kolejowej przez pracownika Ośrodka i przekazywany do magazynu podatnika. Wyliczono, że nieuzasadnione zawyżenie kosztów zakupu płynu etylowego za pośrednictwem Fundacji wyniosło ogółem za lata 1994-1995 kwotę ponad 700.000 nowych złotych, a uszczuplenie podatku dochodowego wyniosło za 1994 r. kwotę 148.472 zł, a za 1995 r. kwotę 171.867 zł. Uznano także, że zarzuty podatnika podnoszące, iż zapłacona marża stanowiła faktycznie opłaty za przekazane przez Fundację na rzecz Ośrodka rozwiązanie know-how, dotyczące metody etylizacji, płynów są bezzasadne, albowiem tego rodzaju opłaty nie były wymienione w fakturach, a także brak jest dostatecznych dowodów na zawarcie jakiejś wiążącej umowy w powyższym zakresie.