Nie można zresztą podzielić stanowiska skarżącego, iż kwestionowany przez niego przepis wnosi istotną nowość normatywną w stosunku do przepisów ustawy oraz nakłada na podatnika dodatkowe obowiązki i ciężary, nie wynikające z ustawy, co stanowi o jego sprzeczności z art. 64 ust. 2 i 3 w zw. z art. 84 Konstytucji. Art. 19 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług istotnie, realizując zasadę neutralności tego podatku, przyznaje podatnikowi prawo do obniżenia podatku należnego o naliczony przy zakupie towarów i usług związanych ze sprzedażą opodatkowaną. W ust. 2 tego artykułu zdefiniowano kwotę podatku naliczonego jako sumę kwot podatku określonych w fakturach stwierdzających nabycie towarów i usług. Faktury, zgodnie z art. 32 ust. 2 ustawy wystawiają podatnicy, ustawa wskazuje także podstawowe dane, jakie winny w niej być zawarte, m.in. winna ona podawać kwotę podatku oraz dane dotyczące podatnika i nabywcy. Już zatem z przepisów ustawy można wywieść wniosek, iż podatek naliczony to tylko taki podatek, który został wykazany w fakturze wystawionej przez podatnika tego podatku. Wynika to z zresztą z reguł rządzących podatkiem od towarów i usług. Ma obciążać każdą transakcję, po potrąceniu od niego kwoty podatku, który obciążył pośrednio - w poprzednich fazach obrotu-koszty poszczególnych składników ceny. Jeżeli zatem potrąceniu podlega podatek, to również sprzedawca musiał być podatnikiem /podatek musiał być naliczony w poprzedniej fazie obrotu/. Ponadto w ust. 5 art. 32 powołanej ustawy zawarto upoważnienie dla Ministra Finansów do określenia w drodze rozporządzenia szczegółowych zasad wystawiania faktur, przy uwzględnieniu m.in. potrzeby zapewnienia kontroli prawidłowości rozliczania podatku. Zastrzeżenie w par. 34 rozporządzenia, iż faktury VAT wystawiać mogą tylko zarejestrowani podatnicy podatku od towarów i usług niewątpliwie służy takiemu celowi. Przepisy prawa mają bowiem na celu nie tylko zapewnienie neutralności podatku od towarów i usług, ale i ochronę budżetu państwa przed obciążeniami związanymi z finansowaniem podatku zwracanego podatnikowi. W tym kontekście regulacja zawarta w par. 48 ust. 4 pkt 1 lit. "a" stanowi tylko konkretyzację przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, nie nakłada zaś nowych ciężarów czy obowiązków na podatnika.
Zauważyć przy tym należy, iż niezrozumiałe jest odwołanie się skarżącego do art. 33 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług. W tym przypadku bowiem podstawą zakwestionowania podatku naliczonego nie był par. 48 ust. 4 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z 2002 r. /odnoszący się do faktur, o których mowa w art. 33 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług/, lecz ust. 4 pkt 1 lit. "a" tego przepisu. Wskazać też należy, iż uznając w pewnym zakresie za niezgodny z Konstytucją RP przepis par. 50 ust. 4 pkt 3 powołanego rozporządzenia Ministra Finansów z 1999 r. /którego treść odpowiada treści par. 48 ust. 4 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z 2002 r./ Trybunał Konstytucyjny /w powołanym przez stronę skarżącą wyroku z 21 czerwca 2004 r., SK 22/03 - OTK-A 2004 nr 6 poz. 59/ stwierdził, iż art. 33 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług adresowany jest także do osób nie będących podatnikami /"niepodatników"/. Nie chodzi tu jednak w jego ocenie o podmioty, które nigdy nie były podatnikami VAT i nie zostały zarejestrowane, lecz o takie podmioty, które w ogóle są podatnikami VAT i mają prawo do wystawiania faktur VAT, ale w danym przypadku wystawiły faktury na towary nieopodatkowane. Także więc w ocenie Trybunału Konstytucyjnego osoby, która nie jest zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług nie można uznać za osobę uprawnioną do wystawienia faktury VAT, czyli dokumentu uprawniającego do dokonania obniżenia podatku należnego o naliczony przy zakupie. W uzasadnieniu wyroku z dnia 27 kwietnia 2004 r. /K 24/03 - OTK-A 2004 nr 4 poz. 33/, stwierdzającym niezgodność par. 48 ust. 4 pkt 2 powołanego rozporządzenia Ministra Finansów z 2002 r. z art. 92 ust. 1 i art. 217 Konstytucji RP Trybunał Konstytucyjny stwierdził też, iż sytuacja, w której sprzedawca pobiera wraz z ceną towaru lub usługi odpowiednią kwotę podatku VAT, a następnie "nie rozlicza" jej z organami podatkowymi, natomiast nabywca- biorąc za podstawę otrzymany oryginał faktury "odlicza sobie" na ogólnych zasadach tę kwotę od "swojego" zobowiązania podatkowego, z pewnością nie odpowiada konstrukcji podatku od towarów i usług.
Z tych względów uznać należy, iż zaskarżona decyzja nie narusza art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Decyzja określająca zobowiązanie podatkowe nie została bowiem wydana z rażącym naruszeniem prawa. Uzasadnia to oddalenie skargi na podstawie art. 151 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.