1. Organom administracji publicznej nie przysługuje prawo oceny zgodności aktów niższej rangi z ustawą czy Konstytucją RP. Zgodnie z art. 7 Konstytucji RP mają one obowiązek działać na podstawie i w granicach prawa. Zasadę tę powtarza art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /t.j. Dz.U. 2005 nr 8 poz. 60 ze zm./. Organy są zatem związane przepisami prawa wymienionym w art. 87 Konstytucji RP, w tym również przepisami określającymi podmioty uprawnione do tworzenia prawa oraz uprawnione do badania zgodności przepisów prawa wydanych przez centralne organy państwowe z Konstytucją i ustawami.
2. Podatek naliczony to tylko taki podatek, który został wykazany w fakturze wystawionej przez podatnika tego podatku. Wynika to z zresztą z reguł rządzących podatkiem od towarów i usług. Ma obciążać każdą transakcję, po potrąceniu od niego kwoty podatku, który obciążył pośrednio - w poprzednich fazach obrotu-koszty poszczególnych składników ceny. Jeżeli zatem potrąceniu podlega podatek, to również sprzedawca musiał być podatnikiem /podatek musiał być naliczony w poprzedniej fazie obrotu/.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi - Wydział I po rozpoznaniu na rozprawie sprawy ze skargi Marka C. Przedsiębiorstwa Handlowo - Usługowego "M.-T." na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. z dnia 11 października 2005 r., (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w sprawie podatku od towarów i usług za miesiąc listopad 2002 r. - oddala skargę.
Decyzją z dnia 23 kwietnia 2004 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. określił Markowi C. zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiąc listopad 2002 r. w wysokości 35.466 zł. Zakwestionował obniżenie przez podatnika podatku należnego o naliczony w fakturach VAT wystawionych przez Wiesława D. prowadzącego działalność gospodarczą pod nazwą P.H.U.T. W. w O. Sprzedawca, jak wynika z pisma Naczelnika Urzędu Skarbowego w O. nie był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm. - dalej ustawa o podatku od towarów i usług/ podatnik ma prawo obniżenia kwoty podatku należnego o naliczony przy nabyciu towarów i usług. W przypadku, gdy sprzedaż towarów lub usług została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur lub faktur korygujących, faktury te i dokumenty celne nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego /par. 48 ust. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz.U. 2002 nr 27 poz. 268 ze zm. - dalej rozporządzenie Ministra Finansów z 2002 r./. Uprawnieni do wystawiania faktur VAT są wyłącznie zarejestrowani podatnicy podatku od towarów i usług /par. 34 powołanego rozporządzenia/. Skoro Wiesław D. nie był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług, to podatnikowi- Markowi C. nie przysługiwało w świetle powołanych wyżej przepisów prawo do obniżenia podatku należnego o naliczony w fakturach wystawionych przez Wiesława D. Od tej decyzji podatnik nie wniósł odwołania i stała się ona ostateczna.
W dniu 30 maja 2005 r. Marek C. złożył do Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. wniosek o stwierdzenie nieważności wskazanej wyżej decyzji oraz 8 innych, wydanych przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. w przedmiocie zobowiązania w podatku od towarów i usług za miesiące październik i listopad 2002 r. oraz od lutego do sierpnia 2003 r. Jako podstawę wniosku wskazał art. 247 par. 1 pkt 3 i art. 248 par. 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. 2005 nr 8 poz. 60 ze zm./. W ocenie strony par. 48 ust. 4 pkt 1 lit. "a" rozporządzenia Ministra Finansów z 2002 r. jest niezgodny z art. 64 ust. 2, art. 64 ust. 3 w zw. z art. 84 i art. 92 ust. 1 Konstytucji RP w zakresie, w jakim pozbawia prawa do obniżenia podatku należnego podatnika VAT nabywającego towar od podmiotu, który wystawił fakturę, lecz nie był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług. W jego ocenie art. 19 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług nie wprowadza żadnych ograniczeń w uprawnieniu do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku z faktur wystawionych przez sprzedawcę. Powołany przez organy podatkowe jako podstawa rozstrzygnięcia przepis rozporządzenia Ministra Finansów wydany został na podstawie delegacji ustawowej - art. 23 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług. Przepis ten, upoważniający Ministra Finansów w sposób nieograniczony do określenia listy towarów lub usług lub przypadków, w których nabywca towarów i usług nie jest uprawniony do obniżenia podatku należnego jest rażąco niezgodny z art. 92 ust. 1 Konstytucji RP.