Z art. 3 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ wynika, że jeżeli w ustawie tej jest mowa o podatkach, to rozumie się przez to m. in. i opłat y. Nie ma zatem przeszkód, aby za nadpłatę traktować nie tylko nadpłacony lub nienależnie zapłacony podatek ale także nienależnie zapłacona opłatę prolongacyjną. Błędem jest więc odmowa oprocentowania tej opłaty. Nie ma tez logicznych argumentów, by inaczej traktować opłatę prolongacyjną zapłaconą przez podatnika, a inaczej zapłaconą przez płatnika.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "3D PRO" Spółki z ograniczona odpowiedzialnością w Ł. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. z dnia 5 czerwca 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy procentowania i wypłaty oprocentowania od nienależnie uiszczonych odsetek za zwlokę od zaległości podatkowej oraz odsetek od opłaty prolongacyjnej - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
W dniu 30 października 2001 r. Izba Skarbowa w Ł. uchyliła decyzję Inspektora UKS, którą określono Spółce "3D Pro", jako płatnikowi, zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych za 1996 r. i umorzyła postępowanie w sprawie. Wcześniej Urząd Skarbowy Ł.-Ś. wyegzekwował od Spółki na poczet zaległości część kwoty, a pozostałą kwotę podatku wraz z odsetkami spółka spłaciła w ratach. W związku z rozłożeniem zaległości na raty Spółka zapłaciła też opłatę prolongacyjną. Cała zaległość z odsetkami i opłatą prolongacyjną zostały zapłacone przed końcem 1999 r. W wyniku uchylenia decyzji Inspektora na koncie Spółki powstała nadpłata w podatku dochodowym od osób prawnych za 1996 r. Nienależnie zapłacony podatek wraz z zapłaconymi przez Spółkę odsetkami zwłokę Urząd zwrócił na jej konto w dniu 12 listopada 2001 r.
W dniu 21 grudnia 2001 r. Spółka wystąpiła o:
- zwrot opłaty prolongacyjnej w kwocie 2.895,20 zł wraz z jej oprocentowaniem,
- wypłatę oprocentowania od zapłaconych nienależnie odsetek.
Decyzją z dnia 5 lutego 2002 r. Urząd Skarbowy Ł.-Ś. orzekło o wypłacie:
- oprocentowania od nadpłaconego podatku od dnia wpłaty do dnia dokonania jego zwrotu,
- oprocentowania zapłaconych przez Spółkę odsetek od dnia 5 czerwca 2001 r. do dnia ich zwrotu,
- odmówił oprocentowania i zwrotu opłaty prolongacyjnej. W uzasadnieniu decyzji Urząd stwierdził, że dopiero z chwilą dodania par. 3 do art. 72 Ordynacji podatkowej, tj. od dnia 5 czerwca 2001 r. na równi z nadpłatą traktuj e się także tę część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej. Zatem oprocentowanie nadpłaty podatku za 1996 r. przysługuje spółce zgodnie z art. 77 par. 2 pkt 1 w zw. z art. 76 par. 1 pkt 1 lit. "c" Ordynacji podatkowej od dnia jej powstania, a zapłaconych przez Spółkę odsetek od dnia 5 czerwca 2001 r. Odmawiając zwrotu opłaty prolongacyjnej oraz jej oprocentowania organ podatkowy stwierdził, że art. 72 Ordynacji podatkowej określający instytucję nadpłaty nie wymienia opłaty prolongacyjnej. Nie stanowi ona nadpłaty, a w konsekwencji nie podlega oprocentowaniu.
Odwołując się od tej decyzji Spółka zakwestionowała pogląd, iż część wpłaty zaliczonej na odsetki od zaległości można traktować jako nadpłatę dopiero od wejścia w życie nowelizacji art. 72 Ordynacji podatkowej. Dodanie par. 3 do tego artykułu nie zmieniło znaczenia tego przepisu ale miało na celu wyjaśnienie kwestii budzącej do tej pory spory w zakresie jego stosowania. Prócz tego błędny jest pogląd organu, iż par. 3 art. 72 ma zastosowanie wyłącznie do tej części odsetek, które powstały po 5 czerwca 2001 r. Organ decydując o zwrocie nadpłaty określa jej wysokość w momencie dokonywania wypłaty, a moment ten powstał już po wejściu w życie zmian Ordynacji podatkowej. Ustawa ta nie zawiera przepisu pozwalającego na stosowanie w części ustawy nowej, a w innej części ustawy starej. Według Spółki z literalnego brzmienia art. 3 pkt 3 lit. "c" Ordynacji podatkowej wynika, że zarówno odsetki od zaległości jak i opłata prolongacyjna powinny być uznawane za podatek, co oznacza, że w razie ich nadpłacenia podlegają zwrotowi z oprocentowaniem.