Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Paweł Dąbek (spr.) Sędziowie WSA Maja Chodacka WSA Agnieszka Jakimowicz po rozpoznaniu w dniu 30 listopada 2021 r. na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym sprawy ze skargi G. D. S. Sp. z o.o. we [...] na decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z dnia 19 kwietnia 2021 r., znak: [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. 1. uchyla zaskarżoną decyzję w całości, 2. zasądza od Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. na rzecz G. D. S. Sp. z o.o. we [...] kwotę 125.017 (słownie: sto dwadzieścia pięć tysięcy siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Decyzją z 19 kwietnia 2021 r., znak: [...] Naczelnik [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. (dalej: Naczelnik) utrzymał w mocy wydaną przez siebie decyzję z 20 maja 2020 r., którą określono G. D. S. sp. z o.o. we W. (dalej: Spółka) wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r.
Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że wobec Spółki wszczęto 4 września 2017 r. kontrolę celno-skarbową w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Kontrola ta zakończyła się wydaniem 26 lipca 2019 r. wyniku kontroli, który doręczono Spółce 14 sierpnia 2019 r. Następnie 18 października 2019 r. wszczęto wobec Spółki postępowanie przygotowawcze w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy (Dz.U. z 2020 r. poz. 19 ze zm. - dalej. k.k.s.) w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. Kontrola celno-skarbowa została przekształcona w postępowanie podatkowe postanowieniem z 23 października 2019 r., doręczonym Spółce 7 listopada 2019 r. Naczelnik zawiadomił pełnomocnika Spółki (12 listopada 2019 r.) oraz Spółkę (29 października 2019 r.) o zawieszeniu z dniem 18 października 2019 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r., z uwagi na wszczęcie postępowania karnego skarbowego. W uzasadnieniu decyzji wskazano, że obowiązek wszczęcia postępowania karnego jest aktualny do czasu przedawnienia karalności czynu, zaś wszczęcie tego postępowaniu w połączeniu z zawiadomieniem pełnomocnika Spółki o tym fakcie, spowodowało zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r.
Odnosząc się do spornej w sprawie kwestii prawidłowego ustalenia wysokości kosztów uzyskania przychodów z tytułu uczestnictwa Spółki w spółkach osobowych oraz prawidłowego ich udokumentowania przez Spółkę Naczelnik wskazał, że w ujęciu podatkowym, uzyskiwane w 2013 r. przez spółki osobowe przychody i ponoszone przez nie koszty powinny zostać dodane do przychodów i kosztów Spółki w takiej proporcji, w jakiej uczestniczy ona w zyskach spółek osobowych. Spółka miała obowiązek posiadania dokumentów na podstawie których ustaliła kwotę przychodów, kwotę kosztów uzyskania przychodów oraz podstawę opodatkowania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r. Spółka w 2013 r. posiadała udziały w trzech spółkach osobowych. Spór dotyczy prawidłowości rozliczenia przez Spółkę przychodów i kosztów uzyskania przychodów odnoszących się do zbycia prawa użytkowania wieczystego nieruchomości przez S. [...] sp. z o.o. s.k. w likwidacji, w której to Spółka posiadała 99% udziału. Zbycie prawa użytkowania wieczystego dotyczyło zabudowanej nieruchomości położnej w W., na skutek wykonania umowy przewłaszczenia na zabezpieczenie. Zdaniem Naczelnika Spółka nie wyjaśniła rozbieżności powstałej między kwotą kosztów uzyskania przychodów przyjętych przez S. 2 sp. z o.o. sp.k. za 2013 r. a kwotą 14 175 639, 59 zł. W ocenie Naczelnika kwota 14 178 287,31 zł stanowiła praktycznie 100 % kosztu podatkowego przyjętego przez S. [...] sp. z o.o. sp.k. i została określona przez nią jako "koszt historyczny", bez szczegółowego wyjaśnienia co należy rozumieć pod użytym pojęciem. Ponadto Spółka ta nie przedstawiła kompletu dokumentów, z których wynikałaby ww. kwota.