Strony mogą w szczególności przyjąć, że ustalenie wynagrodzenia dla wykonawcy nastąpi za poszczególne etapy prac na podstawie kosztorysu powykonawczego, a zaliczki zostaną zarachowane na poczet wynagrodzenia zgodnie z umową. W tej sytuacji wydatkowanie wspomnianego przychodu w formie zaliczki na poczet wynagrodzenia za budowę budynku mieszkalnego w okresie dwóch lat od dnia sprzedaży nieruchomości uzasadnia w ocenie Sądu w składzie orzekającym w niniejszej sprawie zastosowanie zwolnienia podatkowego przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, jeżeli w wykonaniu zawartej umowy o roboty budowlane wpłata ta zostanie zaliczona na wynagrodzenia wykonawcy. Dokonanie budowy po upływie okresu, o którym mowa w tym przepisie, nie stanowi przeszkody w zastosowaniu przewidzianego w nim zwolnienia podatkowego. Jak już bowiem wspomniano, dwuletni okres przewidziany w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych dotyczy daty wydatkowania przychodu na budowę budynku mieszkalnego, a nie zakończenia budowy. Pogląd taki wyraził również Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale 7 sędziów z dnia 17 lutego 1997 r. sygn. FPS 9/96.
Rozpoznając ponownie sprawę organy podatkowe powinny ustalić, czy umowa o roboty budowlane została wykonana, a w szczególności czy skarżący budował własny budynek mieszkalny, na budowę którego dokonał wpłaty zaliczki w dniu [...].1998 r. jak również ustalenia wymaga czy zaliczka wpłacona przez skarżącego została zaliczona poczet wynagrodzenia zgodnie z postanowieniami par. 3 pkt 3 i 5 umowy o roboty budowlane z dnia [...].1998 r., zmienionej aneksem z dnia [...].2001 r.
W związku z powyższym orzeczono jak w sentencji na podstawie przepisu art. 145 par. 1 pkt 1 lit a i c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270)
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie przepisu art. 200 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270).