Od powyższej decyzji G. S. wniósł odwołanie, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego poprzez uznanie, że wpłacona zaliczka na poczet budowy budynku mieszkalnego nie spełnia warunków, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit a cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. G. S.wniósł o uchylenie decyzji organu I Instancji.
Decyzją z dnia 08.11.2002 r. Nr [...] Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję organu I instancji. Izba Skarbowa podzieliła stanowisko zwarte w uzasadnieniu decyzji Drugiego Urzędu Skarbowego, iż dokonanie wpłaty zaliczki na poczet budowy budynku mieszkalnego nie zwalnia podatnika od obowiązku zapłaty zryczałtowanego podatku dochodowego, gdyż nie został zrealizowany przez podatnika cel zadeklarowany w oświadczeniu tj. budowa własnego domu mieszkalnego, stanowiącego jeden z warunków określonych w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit a cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Ponadto Izba Skarbowa podniosła, że A. i G. S. uzyskaną kwotę przychodu ze sprzedaży nieruchomości przeznaczyli na budowę domu, którego współwłaścicielem jest także brat G.S., E.S., a więc na budowę domu, którego współwłaścicielem jest inna osoba. G. S. i E.S. nie dokonali podziału nieruchomości i nie jest możliwe ustalenie, który z dwóch budynków objętych pozwoleniem na budowę przynależy do G. S., a który do E. S.. Izba Skarbowa wskazała również, że w dniu [...]1999 r. E. S. przekazał A.S. kwotę [...] zł, stanowiącą jego przychód ze sprzedaży nieruchomości w [...]tytułem zaliczki z przeznaczeniem na budowę jego domu jednorodzinnego przez A.S.. W wyniku tak zawartych umów na wzajemną realizację inwestycji - budowy domów oraz przekazania sobie zaliczkami przychodów ze sprzedaży nieruchomości A. i G. S. otrzymali w 1999 r. od E. S. zwrot przekazanej w 1998 r. kwoty [...] zł. W ocenie organu podatkowego II instancji celem G .i A. S. nie była budowa budynku mieszkalnego ze środków uzyskanych ze sprzedaży nieruchomości, ale obejście przepisów podatkowych (art. 28 ust. 2 cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych) celem uwolnienia się od zapłaty zryczałtowanego podatku dochodowego z tytułu sprzedaży nieruchomości.
Na powyższą decyzję Izby Skarbowej G. S. złożył skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Skarżący wnosząc o uchylenie decyzji Izby Skarbowej oraz poprzedzającej ją decyzji organu podatkowego I instancji zarzucił, iż decyzje zostały wydane z naruszeniem przepisów prawa materialnego poprzez uznanie, że wpłacenie przez niego zaliczki na poczet budowy budynku mieszkalnego nie spełniło warunków o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit a cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Skarżący zarzuca, że organy podatkowe nie ustosunkowały się do podnoszonych przez niego argumentów w toku postępowania, nie przeprowadziły żadnego z wnioskowanych przez niego dowodów. Organ podatkowy dokonał ustaleń, iż skarżący nie wybudował budynku mieszkalnego w oparciu o wizję lokalną, której w istocie zdaniem skarżącego nie przeprowadzono.