Podatnik korzysta z możliwości pomniejszenia własnego podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług wyłącznie w ten sposób, że dokonuje obniżenia tego podatku w złożonej w odpowiednim czasie deklaracji VAT-7. W przypadku nieskorzystania z tego prawa bądź skorzystania w określonym tylko zakresie, tj. gdy podatnik nie dokonuje obniżenia podatku VAT w złożonej w odpowiednim czasie deklaracji VAT-7 lub dokonuje tego obniżenia lecz czyni to w sposób niezupełny, o wysokości kwoty podatku naliczonego decyduje właśnie zakres dokonanego już w tej deklaracji VAT-7 potrącenia podatku należnego. Nieobniżenie w deklaracji VAT-7 za dany miesiąc kwoty podatku należnego o określony wysokość kwoty podatku naliczonego oznaczać zatem będzie, iż z prawa do pomniejszenia podatku należnego podatnik skorzystał w takim, a nie innym zakresie. Faktu nieodliczenia podatku naliczonego w danym miesiącu nie można usprawiedliwić okolicznościami innymi niż ustawowe, np. wprowadzeniem nowego systemu komputerowego w trakcie którego wynikły różnice w sposobie rozliczenia podatku od towarów i usług. Możliwość obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w złożonej w późniejszym terminie autokorekcie deklaracji VAT-7, dopuszczona jest bowiem wyłącznie w sytuacji, gdy jest to usprawiedliwione okolicznościami przewidzianymi przez ustawę o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, jak również przepisy wykonawcze.
Z powodu nieprawidłowej kwalifikacji i ewidencjonowania dokumentów zakupu przez wdrażany system komputerowy, Spółka złożyła w dniu 22 października 1997 r. deklarację korygującą VAT-7 za marzec 1997 r. W deklaracji korygującej Spółka zwiększyła, wykazaną i odliczoną według deklaracji za ten miesiąc kwotę podatku naliczonego do odliczenia.
Urząd Skarbowy uznając, iż nieprawidłowa kwalifikacja i ewidencjonowanie dokumentów zakupu przez wdrażany system komputerowy, nie rodzi prawa Spółki do zwiększenia w deklaracji korygującej VAT-7 kwoty różnicy podatku, o którym mowa w art. 21 ust. 1 ustawy o VAT o kwotę wyższą od kwoty należnej, decyzją z dnia 31 lipca 1998 r. określił Spółce kwotę różnicy podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym do przeniesienia z marca 1997 r. na następny miesiąc oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za marzec 1997 r.
Przedmiotowe rozstrzygnięcie było wynikiem uznania, iż przepis art. 19 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ przyznaje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług w ściśle określonym terminie, tj. w miesiącu, w którym podatnik otrzymał fakturę lub w miesiącu następnym.
Nie zgadzając się z takim rozstrzygnięciem organu podatkowego I instancji Spółka wniosła odwołanie do Izby Skarbowej podnosząc, iż:
- żaden z przepisów prawa materialnego, w tym również przepisy ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym nie zabraniają dokonania samokontroli dokumentacji finansowo-księgowej, a następnie dokonania autokorekty podatków,
- zapisy ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym nie dają wystarczających podstaw do kwestionowania prawa do autokorekty wysokości podatku naliczonego w sytuacji, gdy upłynął już termin wskazany w art. 19 ust. 3 i 3a ustawy.
Po rozpatrzeniu odwołania Izba Skarbowa uchyliła decyzję Urzędu Skarbowego w części określającej kwotę różnicy podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym do przeniesienia z marca na następny miesiąc i w tym zakresie umorzyła postępowanie w sprawie, w pozostałym zaś zakresie utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. Powodem takiego rozstrzygnięcia był wzgląd na przepis art. 27 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług, który był podstawą prawną wydanej przez organ podatkowy I instancji decyzji. Przepis ten dotyczy ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości odpowiadającej 30 procent zawyżenia różnicy podatku, o którym mowa w art. 21 ust. 1 ustawy w przypadku stwierdzenia przez Urząd Skarbowy nieprawidłowego rozliczenia w tym zakresie podatku przez podatnika. Nie dotyczy zaś określenia przez Urząd Skarbowy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia z danego miesiąca. Umocowanie bowiem Urzędu Skarbowego do weryfikacji złożonej deklaracji znajduje się w treści art. 10 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, zgodnie z którym zobowiązanie podatkowe lub kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że Urząd Skarbowy określił je w innej wysokości. Odnośnie art. 19 ust. 1 i 3 ustawy Izba podzieliła w pełni stanowisko Urzędu Skarbowego.