Par. 8 ust. 4 w związku z ust. 2 pkt 2 i pkt 5 zarządzenia Minister Finansów z dnia 21 lipca 1989 r. w sprawie sposobu pobierania, uiszczania i zwrotu opłaty skarbowej oraz sposobu prowadzenia rejestrów tej opłaty /M.P. nr 25 poz. 193 ze zm./ stanowi, że w przypadku określenia wartości przedmiotu czynności prawnej w kwocie nie odpowiadającej jego wartości rynkowej, urząd skarbowy wydaje decyzję ustalające wysokość opłaty skarbowej.
Przepis ten został zmieniony zarządzeniem Ministra Finansów z dnia 16 kwietnia 1997 r. /M.P. nr 26 poz. 246/ i od dnia jego wejścia w życie to jest od dnia 13 maja 1997 r. urząd skarbowy wydaje decyzje określające wysokość opłaty skarbowej.
Naczelny Sąd Administracyjny, po rozpoznaniu sprawy ze skargi Andrzeja S. na decyzję Izby Skarbowej w K. z dnia 30 września 1998 r. (...) w przedmiocie opłaty skarbowej - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji; (...).
W dniu 14 kwietnia 1997 r. została zawarta umowa sprzedaży nieruchomości położonej w K., w której kupującym był Andrzej S., zwany dalej skarżącym, oraz jego żona. Koszty zawartej umowy - zgodnie z umową - ponosili kupujący.
Urząd Skarbowy K.-Ś. zakwestionował wartość nieruchomości wykazanej w akcie notarialnym i w dniu 29 czerwca 1998 r. wydał decyzję określającą wysokość zobowiązania z tytułu opłaty skarbowej oraz określającą wysokość zaległości z tytułu tej opłaty. Decyzja została skierowana do wszystkich stron zawartej umowy, które zgodziły się na podwyższoną wartość transakcji, a w konsekwencji na podwyższoną o 1.300 zł opłatę skarbową. Kwota ta została uiszczona przez skarżącego.
Od powyższej decyzji odwołał się skarżący podnosząc, że został zobowiązany do zapłaty kwoty 1.300 zł dopiero w dniu wydania przez organ skarbowy decyzji tj. 29 czerwca 1998 r. Przed ustaleniem wartości nieruchomości nie mógł skarżący dokonać zapłaty, gdyż nie wiedział jaka jest wartość rynkowa tej nieruchomości.
Skarżący nie zgodził się z organem podatkowym, że "dopłata" stanowi zaległość podatkową, gdyż warunkiem koniecznym do uznania, że nie wpłacony podatek /opłata skarbowa/ stanowi zaległość podatkową jest określenie terminu zapłaty oraz ustalenie, że podatnik w tym terminie zapłaty nie dokonał. W przedmiotowej sprawie skarżący nie znając "kwoty do dopłaty" nie mógł dokonać jej wpłaty, a zatem - w ocenie skarżącego - bezpodstawne jest twierdzenie - iż zapłaty nie dokonał w terminie.
Skarżący podniósł, że decyzja organu podatkowego ma charakter decyzji ustalającej, a zważywszy że uiścił kwotę 1.300 zł niezwłocznie po otrzymaniu od pracownika organu skarbowego informacji w tym zakresie, nie popadł w zwłokę i naliczanie odsetek za okres od dnia zawarcia transakcji do dnia jej uiszczenia - zdaniem skarżącego - jest niedopuszczalne.
Izba Skarbowa decyzją z dnia 30 września 1998 r. utrzymała w mocy zaskarżone rozstrzygnięcie. W jej uzasadnieniu organ odwoławczy stwierdził, że zgodnie z art. 5 pkt 4 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ obowiązek uiszczenia opłaty skarbowej powstaje z mocy prawa z chwilą dokonania czynności cywilnoprawnej. Jeżeli wskutek przeprowadzonego postępowania podatkowego organ podatkowy stwierdzi, że podatnik mimo ciążącego na nim obowiązku nie zapłacił w całości lub w części podatku, organ ten wydaje decyzję na mocy art. 21 par. 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926/, w której określa wysokość zaległości podatkowej. Konsekwencją powyższego jest obowiązek naliczenia przez organ podatkowy odsetek należnych na dzień wydania decyzji określającej zaległość podatkową.
W dniu 4 listopada 1998 r. do Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie - Ośrodka Zamiejscowego w Krakowie wpłynęła skarga na powyższą decyzję, w której skarżący wniósł o jej uchylenie zarzucając naruszenie prawa, a to art. 21 par. 1 pkt 2 w związku z art. 47 par. 1 Ordynacji podatkowej poprzez uznanie, że decyzja wydana w przedmiocie określenia wartości rynkowej w związku z postępowaniem wszczętym na podstawie art. 10 ust. 3 ustawy o opłacie skarbowej jest decyzją o charakterze określającym.