W uzupełnieniu wniosku spółka podkreśliła, że ewentualny dochód, który może pojawić się od momentu otrzymania wkładów do momentu przekształcenia nie będzie miał wpływu na obowiązek w podatku od czynności cywilnoprawnych. Zdaniem wnioskodawcy należy zwrócić uwagę, iż zastosowanie powinien mieć tu bowiem nie tylko przepis art. 9 pkt 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, który przepis odnosi się do części majątku powstałej z wkładów do spółki wnioskodawcy. Przede wszystkim podatkiem są objęte te przekształcenia, w przypadku których dochodzi do zwiększenia majątku spółki osobowej. Tymczasem w związku z przekształceniem udziałowcy spółki (wnioskodawcy) nie wniosą do spółki osobowej żadnych nowych wkładów (spółka osobowa tym samym nie otrzyma żadnego dodatkowego majątku w wyniku przekształcenia w porównaniu do majątku wnioskodawcy. Majątek spółki osobowej będzie więc pochodził wyłącznie z dotychczasowego majątku spółki.
W opinii wnioskodawcy bez znaczenia pozostaje, czy nastąpi pojawienie się "zysków niepodzielonych" - tj. nie można twierdzić, iż opodatkowaniu podlega część "zwiększenia majątku" (część nieobjęta zwolnieniem określonym w art. 9 pkt 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych), gdyż porównać należy wartość majątku na moment przekształcenia spółki kapitałowej z majątkiem powstałej po przekształceniu spółki osobowej; w przypadku gdy wartości te będą tożsame - nie wystąpi obowiązek w podatku od czynności cywilnoprawnych. Uzasadniając swoje stanowisko spółka powołała szereg interpretacji indywidualnych.
W interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej, działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 11 października 2013 r., nr [...], stanowisko wnioskodawcy uznano za nieprawidłowe.
Organ na wstępie zaznaczył, że przedmiotem interpretacji jest ocena stanowiska w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych tylko w części, odnoszącej się do skutków podatkowych przekształcenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w osobową spółkę prawa handlowego. Wnioskodawca ustosunkował się również na gruncie podatku od czynności cywilnoprawnych do skutków podatkowych zmiany umowy spółki kapitałowej, co pozostaje poza przedmiotem niniejszego wniosku. W tym zakresie zostanie wydana odrębna interpretacja.
Następnie organ podatkowy przytoczył treść art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k i pkt 2, ust. 3 pkt 3, art. 1a pkt 1, art. 3 ust. 1 pkt 1, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f, w art. 7 ust. 1 pkt 9 oraz art. 9 pkt 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, omawiając sposób opodatkowania zmian umów spółek. Wskazał, że zmiany umowy spółki - rozumiane również jako przekształcenie spółek - jeżeli powodują podwyższenie podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, podlegają opodatkowaniu tym podatkiem na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. Organ stwierdził, że opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych podlega zmiana umowy spółki w rozumieniu przepisów o podatku od czynności cywilnoprawnych, jeżeli efektem przekształcenia lub połączenia spółek będzie zwiększenie całokształtu majątku spółki osobowej lub podwyższenie kapitału zakładowego (w przypadku spółki kapitałowej).