Nie można również zaakceptować stanowiska pełnomocnika podatnika, które w istocie sprowadza się do stwierdzenia, że zawarty w art. 9 pkt 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych zwrot "od których zgodnie z prawem państwa członkowskiego podatek nie był naliczony" należy odnosić również do wartości kapitału, od której uprzednio zgodnie z przepisami polskiej ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych podatek nie był naliczany. Niezasadne jest zatem twierdzenie, że umowa spółki osobowej powstałej z przekształcenia spółki kapitałowej, powinna podlegać zwolnieniu z podatku od czynności cywilnoprawnych w części, w jakiej wartość kapitału zakładowego spółki przekształconej była uprzednio opodatkowana tym podatkiem oraz w części, w jakiej wartość kapitału zakładowego spółki przekształconej nie podlegała opodatkowaniu na mocy art. 2 pkt 6 ustawy. Wskazać należy, że z uzasadnienia projektu do ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2009 r. wynika, iż ustawa ta dokonywała wdrożenia dyrektywy Rady 2008/7/WE z 12 lutego 2008 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. Urz. UE L 46 z 21 lutego 2008 r., s. 11). Nowelizacja komentowanego przepisu przewidywała na identycznych zasadach uwzględnienie uprzednio objętych wkładów, tak podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jak i jego odpowiednikiem w państwach członkowskich; chodziło o zrealizowanie zasady jednokrotnego podatkowania wkładów do spółek. Dlatego analizując sporny przepis winno się mieć na uwadze, że chodzi w nim o odróżnienie dwóch rodzajów podatków: polskiego podatku od czynności cywilnoprawnych oraz podatku od wkładów kapitałowych. Spójnik "lub" użyty między zwrotem "podatkiem od czynności cywilnoprawnych" a zwrotem "podatkiem od wkładów kapitałowych" dzieli ww. przepis art. 9 ust. 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych na dwie części. Pierwsza dotyczy polskiego podatku od czynności cywilnoprawnych, w drugiej zaś mowa jest o podatku od wkładów kapitałowych, gdzie ustawodawca określił wyraźnie, że mowa jest o państwie członkowskim, innym niż Rzeczpospolita Polska i również po spójniku "albo" nadal jest mowa o państwie członkowskim innym niż Rzeczpospolita Polska, w którym podatek nie był naliczany.
Końcowo należy zaznaczyć, że stanowisko zbieżne z wyżej zaprezentowanym jednolicie prezentowane jest w dotychczasowym orzecznictwie sądowym dotyczącym analogicznych kwestii, jak poruszone w zaskarżonej interpretacji. Prezentowany przez organ interpretacyjny i podzielany przez Sąd pogląd o opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych różnicy pomiędzy wartością majątku wniesionego do spółki komandytowej (jawnej) a wysokością opodatkowanego uprzednio kapitału zakładowego spółki z o.o. znalazł akceptację m. inn. w wyrokach: WSA w Gliwicach z dnia 8 stycznia 2014 r., sygn. akt I SA/Gl 949/13, z dnia 13 sierpnia 2013 r., sygn. akt I SA/Gl 213/13, z dnia 19 lipca 2010 r., sygn. akt I SA/Gl 326/10, WSA w Gdańsku z dnia 10 grudnia 2013 r., sygn. akt I SA/Gd 1380/13, WSA w Warszawie z dnia 19 czerwca 2013 r., sygn. akt III SA/Wa 191/13, WSA w Bydgoszczy z dnia 12 lutego 2013 r., sygn. akt I SA/Bd 2/13, WSA we Wrocławiu z dnia 14 marca 2008 r., sygn. akt I SA/Wr 1744/07, WSA w Poznaniu z dnia 14 lutego 2013 r., sygn. akt III SA/Po 1314/12, w WSA w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 19 stycznia 2011 r., sygn. akt I SA/Go 984/10, a przede wszystkim w wyroku NSA z dnia 22 listopada 2012 r., sygn. akt II FSK 744/11.
Z uwagi na powyższe orzeczono jak w sentencji w oparciu o art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270 z późn. zm.).