Zastosowanie przez organ przepisów prawa materialnego nie jest w istocie sporne. M. P. kwestionowała prawo materialne w tym znaczeniu, że zastosowane zostało do niewłaściwie jej zdaniem ustalonego stanu faktycznego. Zdaniem Sądu w poprawnie ustalonym stanie faktycznym organ dokonał prawidłowej subsumcji przepisów ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług DZ.U.Nr 54 , poz. 535 ze zm.). Organ wskazał, że stosownie do art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług (art. 86 ust. 2 pkt 1 lit a ustawy o VAT). Z treści tego przepisu wynika zatem, że aby wystąpiła możliwość odliczenia od podatku należnego podatku naliczonego muszą być spełnione dwa warunki : a. objęta fakturą transakcja musi rzeczywiście dojść do skutku; b. transakcja musi być zrealizowana pomiędzy podmiotami wykazanymi na fakturze VAT. Zgodnie bowiem z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit.a ustawy o VAT nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego, faktury stwierdzające czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczących tych czynności. Jednocześnie organ poprawnie wskazał, że w kontekście pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego należy mieć na uwadze treść wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 21 czerwca 2012 r. w połączonych sprawach C-80/11 i C-142/11. W wyroku tym Trybunał wskazał bowiem, że organ podatkowy odmawiając prawa do odliczenia musi wykazać, że podatnik wiedział lub powinien wiedzieć, iż transakcje mające stanowić podstawę do odliczenia wiązały się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury lub inny podmiot działający na wcześniejszym etapie obrotu. Jednocześnie organ zasadnie przywołał wyrok Trybunału w sprawie C 188/09 gdzie podkreślono, że zwalczanie oszustw podatkowych, unikanie opodatkowania i ewentualnych nadużyć jest celem uznawanym i wspieranym przez VI Dyrektywę VAT.
Jak wskazano wyżej w badanym okresie firma skarżącej posługiwała się fakturami wystawionymi przez "B" sp.j. oraz "C", które to faktury nie odzwierciedlały rzeczywistej operacji gospodarczej. Nadto skarżąca co prawidłowo organ ustalił miała świadomość, że jej firma uczestniczy w obrocie tzw. pustymi fakturami. Dodatkowo wskazać należy, że w złożonych pisemnie wyjaśnieniach z dnia [...] 2011 r. skarżąca przyznała iż widziała, że firmy "B", "C" i "D" rozprowadzały złom niewiadomego pochodzenia, choć jednocześnie wyjaśniła, że prowadziła też transakcje rzeczywiste. Wbrew zarzutom skarżącej organ podatkowy nie kwestionował, że część transakcji skarżąca dokonywała zgodnie z prawem co jednoznacznie jak wskazano wyżej wynika z zaskarżonej decyzji. Organ wskazał jedynie, że opisana szczegółowo w decyzji faktury tyczyły transakcji fikcyjnej, konsekwencją czego było zakwestionowanie ksiąg również po stronie sprzedaży. Skoro zatem M. P. miała wiedzę, że firma jej uczestniczy w oszustwie podatkowym w zakresie handlu złomem organ miał prawo do skorygowania podatku naliczonego z opisanych w decyzji faktur. Tym samym nie doszło do naruszenia żadnego z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług opisanych w skardze.
Mając powyższe na uwadze Wojewódzki Sąd Administracyjny na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.