Umorzenie postępowania z uwagi na jego bezprzedmiotowość oznacza, że żądanie zawarte we wniosku nie może zostać rozstrzygnięte merytoryczne. Jest to orzeczenie formalne, kończące postępowanie, bez jego merytorycznego rozstrzygnięcia. Bezprzedmiotowośó postępowania oznacza brak któregoś z elementów stosunku materialnoprawnego, skutkującego tym, iż nie można załatwić sprawy przez rozstrzygnięcie jej co do istoty. Bezprzedmiotowośó wynika z przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych i nie może być utożsamiana z brakiem przesłanek do uwzględnienia wniosku strony. W przypadku, gdy strona domaga się nie przysługującego jej, czy wręcz nie przewidzianego w przepisach prawa, zwrotu podatku VAT, to należy odmówić żądanego zwrotu, a nie umarzać postępowanie jako bezprzedmiotowe. Rozstrzyganie o tym, że uiszczony podatek VAT nie może być uznany za nadpłatę, z powołaniem się na art. 33 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, jest dopuszczalne tylko w orzeczeniu merytorycznym o odmowie żądanego zwrotu podatku VAT, a niedopuszczalne w orzeczeniu o umorzeniu postępowania.
Wnioskiem z 10 marca 1998 r. Spółka z o.o. zwróciła się do Urzędu Skarbowego o zwrot podatku należnego od towarów i usług od sprzedaży dokonanej 16 stycznia 1998 r., której przedmiotem była nieruchomość zabudowana.
W jego uzasadnieniu strona podniosła, iż dokonując sprzedaży przyjęła, iż jest ona wolna od podatku VAT, gdyż jej przedmiotem był towar /rzecz/ używana, a jako podstawę tego stanowiska powołała art. 7 ust. 1 pkt 5 w związku z art. 4 pkt 7 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Po zawarciu umowy, co strona dalej podniosła w swym wniosku, otrzymała pismo Urzędu Skarbowego, w którym organ ten wyraził pogląd, iż zwolnienie od podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 w związku z art. 4 pkt 7 ustawy o VAT w przypadku wskazanej tu umowy nie może mieć miejsca. Uwzględniając ten pogląd, choć nie zgadzając się z nim, strona wystawiła 30 stycznia 1998 r. fakturę korygującą do faktury z 22 stycznia, wykazując tym razem podatek należny i przekazując go na konto Urzędu Skarbowego. Uważając jednakże w dalszym ciągu, że podatek ten jest podatkiem nienależnym Spółka złożyła wniosek o zwrot wpłaconego podatku.
W odpowiedzi na ów wniosek Urząd Skarbowy, decyzją z 13 maja 1998 r. umorzył wszczęte nim postępowanie, powołując się w tej mierze na art. 208 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Uzasadniając takie rozstrzygnięcie Urząd stwierdził, że przepisy prawa obowiązujące w zakresie podatku od towarów i usług nie zawierają podstawy do zwrotu podatku należnego z tytułu sprzedaży towarów na indywidualny wniosek podatnika, z wyjątkiem sytuacji określonych w rozdziałach 6, 8, 9, 10, 11 i 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024/.
W dalszej części uzasadnienia Urząd Skarbowy, powołując się na art. 6 ust. 1 ustawy o VAT, stwierdził że z uwagi na datę wystawienia faktury dokumentującej sprzedaż i wykazującej należny od niej podatek, obowiązek podatkowy strony w tym podatku powstał w styczniu 1998 r. Ewentualna korekta powinna być dokonana poprzez wystawienie faktury korygującej. Wskazując też na art. 33 ustawy o VAT urząd przedstawił pogląd, zgodnie z którym, wystawienie faktury wykazującej podatek należny od sprzedaży skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego także wówczas, gdy dana sprzedaż nie była objęta obowiązkiem podatkowym albo została zwolniona od podatku.
W końcowej części swego uzasadnienia Urząd Skarbowy wyjaśnił, dlaczego uważa, że przedmiotowa sprzedaż nie może być zwolniona od podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług.
Strona stwierdziła, iż Urząd Skarbowy nie rozstrzygnął jej wniosku co do istoty, umorzył postępowanie na podstawie przepisów rozporządzenia wykonawczego Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r., podczas gdy rozporządzenie to reguluje jedynie wykonanie niektórych przepisów ustawy i nie stanowi uregulowania wszystkich jej postanowień. Nie stanowi zatem przeszkody do rozpatrzenia wniosku na innej podstawie, niż zawarte w nim przepisy.