Jeśli faktury otrzymała Spółka Akcyjna będąca nabywcą zlikwidowanego przedsiębiorstwa państwowego, ona też odebrała towar i uiściła jego cenę, to oznacza, iż wszystkie zobowiązania wynikające z umowy sprzedaży wykonała ta Spółka oraz że wszystkie zdarzenia mające znaczenie dla powstania uprawnienia do obniżenia podatku należnego zaistniały po dniu likwidacji Przedsiębiorstwa Państwowego. Przedsiębiorstwo to zatem nie mogło nabyć uprawnień do skorzystania z prawa do obniżenia podatku należnego. Przy przyjęciu, że Spółka nabyła prawa i obowiązki /zobowiązania/ - w rozumieniu cywilnoprawnym - zlikwidowanego Przedsiębiorstwa Państwowego, to ona jest nabywcą towarów objętych fakturami wystawionymi na to Przedsiębiorstwo. Jej też zatem przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, skoro po jej powstaniu nastąpiły zdarzenia decydujące o powstaniu takiego uprawnienia.
W trakcie czynności kontrolnych przeprowadzonych w S.A. przez pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej stwierdzono, że Spółka w marcu 1997 r. dokonała odliczenia podatku naliczonego na podstawie ośmiu faktur, które dotyczyły innego podmiotu gospodarczego, tj. Przedsiębiorstwa Państwowego w Likwidacji w celu Prywatyzacji. Przyjęcie tych faktur do odliczenia podatku naliczonego nastąpiło z uchybieniem art. 19 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług (...).
W oparciu o te ustalenia Inspektor Kontroli Skarbowej wydał decyzję, w której określił podatek od towarów i usług za marzec 1997 r. oraz ustalił za marzec 1997 r. kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług.
W odwołaniu od tej decyzji Spółka podniosła zarzuty dotyczące nieuwzględnienia jej prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur, w których jako nabywca figurowało Przedsiębiorstwo Państwowe w Likwidacji w celu prywatyzacji. W szczególności zarzuciła naruszenie prawa materialnego, a zwłaszcza postanowień art. 19 ust. 1 i 2 oraz art. 27 ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług (...) a także nieuwzględnienie wszystkich okoliczności mających wpływ na rozstrzygnięcie sprawy w tym zwłaszcza okoliczności i dowodów wskazujących na zapłatę ceny i podmiot, który towar otrzymał.
Izba Skarbowa nie podzieliła zarzutów odwołania i decyzję organu I instancji utrzymała w mocy. Uzasadniając swoje stanowisko organ odwoławczy stwierdził, iż Spółka nie miała prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z faktur, w których jako nabywca towaru figurował inny podatnik, tj. Przedsiębiorstwo Państwowe w Likwidacji w celu prywatyzacji. Faktury te bowiem nie stwierdzały nabycia towaru przez Spółkę lecz przez innego podatnika. Bez znaczenia jest tutaj, że majątek Przedsiębiorstwa Państwowego wniesiony został do Spółki w formie aportu przez Skarb Państwa. Spółka Akcyjna, której udziałowcami są Skarb Państwa, S.A, Holding oraz Spółka z o.o., jest odrębnym podatnikiem o odrębnym numerze identyfikacji podatkowej.
Nie zgodzono się z argumentacją Spółki, iż miała prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z przedmiotowych faktur, gdyż to ona odebrała towar udokumentowany tymi fakturami i ona dokonała za niego zapłaty. Okoliczność ta - zdaniem organu II instancji - nie ma znaczenia dla istnienia uprawnienia wynikającego z przepisu art. 19 ust. 1 ustawy o VAT.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego S.A, powtórzyła istotę zarzutów podniesionych wcześniej w odwołaniu akcentując, że istotą sporu w rozpoznawanej sprawie musi być to, czy skarżąca nabyła prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony przy zakupie towarów. By uzyskać prawidłową odpowiedź na to pytanie niezbędne jest wyjaśnienie, kto w istocie był nabywcą tych towarów.