Żądanie stwierdzenia nadpłaty podatku na podstawie art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "b" ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, zgłoszone przez podatnika po wszczęciu postępowania podatkowego prowadzonego na podstawie art. 21 par. 3 tej ustawy, nie podlega rozpoznaniu w odrębnym postępowaniu. W takim przypadku organ odwoławczy wydaje na podstawie art. 208 Ordynacji podatkowej decyzję o umorzeniu postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty podatku.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ skargę spółki S.A. w (...) na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 3 grudnia 1998 r. w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług za styczeń 1998 r.
W dniu 20 maja 1998 r. F.A.P. SA w B.-B., powołując się na przepisy art. 79 par. 1 i par. 2 pkt 1 lit. "b" ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926/, złożyła w Pierwszym Urzędzie Skarbowym w B.-B. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku VAT za styczeń 1998 r. w kwocie 1.268.853 zł. Nadpłata - jak wyjaśniła Spółka - powstała na skutek wykazania w deklaracji kwoty podatku przypadającego do zwrotu w wysokości mniejszej od należnej i wynikała z błędów w rejestrach podatku VAT naliczonego od importu materiałów i środków trwałych, który podlegał odliczeniu w styczniu 1998 r.
Decyzją z dnia 25 sierpnia 1998 r. (...), wydaną m.in. na podstawie art. 79 par. 1 i 2 pkt 1b Ordynacji podatkowej oraz art. 19 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, Pierwszy Urząd Skarbowy w B.-B. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za styczeń 1998 r. w łącznej kwocie 1.268.853 zł. W uzasadnieniu tej decyzji organ I instancji wyjaśnił, iż składając deklarację podatkową Spółka nie wykazała kwoty podatku naliczonego od importu materiałów i środków trwałych w łącznej wysokości 1.268.853 zł., a tym samym nie skorzystała z prawa do obniżenia o tę kwotę podatku należnego. Nie było w związku z tym możliwe stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług, gdyż organ podatkowy nie mógł orzekać o prawach i uprawnieniach, z których podatnik sam dobrowolnie nie skorzystał. Ponadto organ I instancji zauważył, iż należało uwzględnić brzmienie art. 19 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, zgodnie z którym obniżenie kwoty podatku należnego następuje w rozliczeniu za miesiąc, w którym podatnik otrzymał fakturę, rachunek uproszczony (...), albo w miesiącu następnym. W jego ocenie Spółka, składając wniosek w dniu 21 maja 1998 r., nie miała prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, gdyż przewidziany w cytowanym przepisie termin już upłynął.
W odwołaniu Spółka "F.A.P." wniosła o uchylenie w całości powyższej decyzji i zarzuciła, że podjęto ją z naruszeniem art. 72 par. 1 pkt 1, art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "b" oraz art. 80 par. 2 Ordynacji podatkowej poprzez niewłaściwe zastosowanie. W uzasadnieniu Spółka podniosła, iż podstawową nieprawidłowością było oparcie rozstrzygnięcia wyłącznie na przepisach ustawy o podatku od towarów i usług z pominięciem przepisów Ordynacji dotyczących nadpłat. Wywody Urzędu Skarbowego, dotyczące braku możliwości obniżenia podatku należnego o naliczony miały w jej ocenie znaczenie o tyle, że wykluczały zastosowanie art. 80 par. 2 Ordynacji podatkowej. Tym samym zastosowanie znajdował przepis art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "b" Ordynacji, w świetle którego uprawnienie do stwierdzenia nadpłaty przysługiwało podatnikom, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 par. 1 pkt 1, jeżeli w deklaracjach innych niż deklaracje na podatek akcyzowy, wykazali kwotę podatku przypadającego do zwrotu w wysokości mniejszej od należnej. Spółka podkreśliła, iż przyjęcie stanowiska prezentowanego przez Urząd Skarbowy musiałoby prowadzić do wniosku, że złożenie przez podatnika deklaracji VAT -7 zamykałoby raz na zawsze możliwość skorygowania na jego korzyść wysokości zobowiązania wynikającego z tej deklaracji. Takie założenie stałoby zaś w wyraźnej sprzeczności z treścią art. 81 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, gdzie jednoznacznie przewidziano możliwość i procedurę dokonywania korekt, z uwzględnieniem w niej roli organów podatkowych.