Wszczęcie przez prokuratora postępowania karnego o popełnienie przestępstwa polegającego na usiłowaniu wyłudzenia z budżetu państwa kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym stanowi dla organów podatkowych dostateczną podstawę do zawieszania postępowania podatkowego w sprawie zadeklarowanego zwrotu. Poczynione w postępowaniu prokuratorskim i sądowym ustalenia w szczególności w zakresie postępowania dowodowego /wiarygodności dowodów/ stanowić będą w postępowaniu podatkowym podstawę do prawidłowych ustaleń faktycznych. Natomiast momentem podjęcia zawieszonego postępowania podatkowego może być tylko prawomocny wyrok sądu karnego ostatecznie rozstrzygający kwestię, czy w istocie doszło do popełnienia przestępstwa.
Urząd Skarbowy zawiesił z urzędu postępowanie w sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym dla Spółki Akcyjnej, wyjaśniając że podjęcie decyzji w sprawie zwrotu nadwyżki jest uzależnione od uprzedniego rozstrzygnięcia przez prokuratura zagadnienia wstępnego, tj. sprawdzenia czy eksport towarów do firmy w Lichtensteinie był transakcją fikcyjną.
Pełnomocnik Spółki wniósł o podjęcie zawieszonego postępowania z uwagi na fakt, iż toczące się w Prokuraturze postępowanie przygotowawcze zastało zakończone, a sprawa jest rozpatrywana przed Sądem Rejonowym. Zatem, zdaniem pełnomocnika, organy podatkowe mogą już rozstrzygać sprawę co do jej istoty.
Urząd Skarbowy odmówił podjęcia zawieszonego postępowania, stwierdzając iż przedmiotowa sprawa nie została jeszcze ostatecznie rozstrzygnięta przez Sąd, a zatem "organ podatkowy nie może na tym etapie sprawy rozstrzygać kwestii zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym".
W zażaleniu na powyższe postanowienie pełnomocnik Spółki wniósł o jego zmianę i podjęcie zawieszonego postępowania, wskazując iż postępowanie przygotowawcze w Prokuraturze zostało już zakończone i zebrany został już cały materiał dowodowy, a zatem nie istnieją przeszkody do dokonania w postępowaniu podatkowym rozstrzygnięcia sprawy co do jej istoty.
Wywiódł także, te "oczekiwanie na orzeczenie Sądu doprowadzi do tego, że organem orzekającym w sprawach zobowiązań podatkowych stanie się sąd karny".
Odnosząc się do zarzutów podniesionych w zażaleniu Izba Skarbowa wskazała, iż zakończenie postępowania przygotowawczego przez Prokuraturę nie doprowadziło do rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego, co oznacza, iż w dalszym ciągu nie ma podstaw do podjęcia zawieszonego postępowania. Nadmieniła także, że dopiero prawomocny wyrok może mieć istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Rozstrzygnięcie w sprawie karnej jest bowiem rozstrzygnięciem w przedmiocie wiarygodności dowodów i dopiero ono stanowić będzie podstawę do wydania prawidłowej decyzji podatkowej.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego pełnomocnik strony zwrócił uwagę na to, iż ustalenie czy "transakcja eksportowa miała miejsce" jest kwestią z zakresu faktów i nie jest w związku z tym rozstrzygnięciem zagadnienia wstępnego.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy stwierdził, co następuje:
Skarga nie zasługuje na uwzględnienie albowiem wbrew jej wywodom zaskarżone postanowienie prawa nie narusza.
Naczelny Sąd Administracyjny stosownie do treści art. 16 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ orzeka w sprawach na postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także rozstrzygające sprawę co do istoty. Sąd bada przy tym zgodność zaskarżonego postanowienia organu odwoławczego tylko i wyłącznie z punktu widzenia jego legalności a nie celowości, tj. z punktu widzenia zgodności tego orzeczenia z przepisami powszechnie obowiązującego prawa /art. 21 powołanej wyżej ustawy/.