Uzyskanie przez podatnika podatku od towarów i usług odszkodowania za szkodę powstałą w majątku służącym do działalności opodatkowanej nie powoduje utraty przewidzianego w art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu usługi związanej z naprawieniem szkody.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Okręgowej Spółdzielni Mleczarskiej w P. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 18 października 1996 r. w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług za okres: styczeń, luty, marzec, maj, lipiec, sierpień, wrzesień, październik 1995 r. i na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, a także - zgodnie z art. 55 ust. 1 powyższej ustawy - zasądził od Izby Skarbowej na rzecz skarżącej 1.280,20 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Urząd Skarbowy w K., decyzją z dnia 1 lipca 1996 r., działając na podstawie art. 5 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1999 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ oraz art. 20 ust. 2 i art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ określił dla Okręgowej Spółdzielni Mleczarskiej w P. wysokość różnic między podatkiem należnym a naliczonym oraz ustalił zobowiązania podatkowe z uwzględnieniem sankcji z art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług za podane wyżej okresy. W uzasadnieniu organ I instancji podkreślił, iż Spółdzielnia, w rozliczeniach za poszczególne okresy, zawyżyła podatek naliczony, bowiem przyjęła do odliczenia podatek związany z zakupami usług naprawy silników i samochodu objętych ubezpieczeniem w PZU SA. Usługi te były zlecane innemu podmiotowi gospodarczemu i udokumentowano je fakturami VAT z wyodrębnionym podatkiem. Jednocześnie, od ubezpieczyciela Spółdzielnia żądała zwrotu kosztów poniesionych napraw. Żądanie takie - jak zaznaczył Urząd Skarbowy - nie było czynnością opodatkowaną, w związku z czym podatek naliczony związany z naprawą silników nie podlegał odliczeniu, gdyż w myśl art. 20 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług podatnik może zmniejszyć podatek należny o kwotę podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną. Podatek ten mógł jedynie zwiększać koszty związane z usunięciem szkody, a Spółdzielnia winna obciążyć nimi zakład ubezpieczeniowy. W rezultacie Urząd Skarbowy uznał, iż w związku z zawyżeniem podatku naliczonego należało ustalić podatek należny z zastosowaniem art. 27 ust. 5 pkt 2 cytowanej ustawy.
W odwołaniu od tej decyzji Okręgowa Spółdzielnia Mleczarska w P. wniosła o uchylenie decyzji Urzędu Skarbowego i umorzenie w tej sprawie postępowania zarzucając, iż jest ona następstwem błędnej interpretacji przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, a w szczególności: art. 20 ust. 2 pkt 2 ustawy przez przyjęcie, że zakup usług naprawy silników, ubezpieczonych od ryzyka uszkodzenia - awarii - nie był czynnością opodatkowaną w rozumieniu powołanego przepisu, a wobec tego nie było możliwe obniżenie podatku należnego o naliczony oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. podatku dochodowym od osób prawnych przez przyjęcie, że podatek VAT naliczony zwiększa koszty naprawy i obciąża zakład ubezpieczeniowy.