Faktura dokumentująca nabycie nieruchomości może być wystawiona wyłącznie po sporządzeniu aktu notarialnego, a nie przed datą jego sporządzenia. Jeśli jednak faktura zostanie wystawiona przed datą sporządzenia aktu notarialnego, to nie dokumentuje ona nabycia nieruchomości z uwagi na nieważność umowy sprzedaży tej nieruchomości.
W takiej sytuacji wykazany na fakturze podatek rodzi po stronie sprzedawcy obowiązek zapłaty tegoż podatku, natomiast po stronie kupującego brak jest możliwości odliczenia zawartego w niej podatku naliczonego.
Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w przedmiocie określenia Przedsiębiorstwu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za styczeń 1996 r. w kwocie niższej od zadeklarowanej na podstawie następującego stanu faktycznego oraz argumentacji prawnej:
Dnia 21 i 28 grudnia 1995 r. Przedsiębiorstwo wpłaciło na rzecz Spółdzielni łącznie kwotę 90.000 zł tytułem częściowej zapłaty za nabycie budynku biurowego. Dnia 31 grudnia 1995 r. Spółdzielnia wystawiła fakturę VAT dokumentującą sprzedaż ww. Przedsiębiorstwu budynku administracyjnego opiewającą na łączną wartość 152.000 zł /w tym podatek od towarów i usług w kwocie 27.500 zł/. Przedmiotowa faktura nie została ujęta w ewidencji zakupu oraz w ewidencji środków trwałych podatnika.
Dnia 15 i 18 stycznia 1996 r. podatnik wpłacił na rzecz Spółdzielni kwotę 60.000 zł tytułem zapłaty za zakupioną nieruchomość.
Dnia 7 marca 1996 r. w kancelarii notarialnej sporządzony został akt notarialny dokumentujący przeniesienie własności przedmiotowej nieruchomości.
W dalszej kolejności organ odwoławczy stwierdził, że podatnik bezpodstawnie odliczył podatek od towarów i usług z faktury wystawionej przez Spółdzielnię w dniu 31 grudnia 1995 r., opiewającej na wartość netto 152.000 zł i podatek VAT w wysokości 27.500 zł, podczas gdy akt notarialny dotyczący sprzedaży budynku administracyjnego został sporządzony dopiero 7 marca 1996 r.
Izba Skarbowa utrzymując w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w konkluzji uzasadnienia podkreśliła, iż zgodnie z art. 158 Kodeksu cywilnego umowa zobowiązująca do przeniesienia własności nieruchomości powinna być zawarta w formie aktu notarialnego. Brak tej szczególnej formy powoduje nieważność czynności prawnej na mocy art. 73 par. 2 Kodeksu cywilnego. To z kolei w zakresie podatku od towarów i usług pociąga konsekwencje braku możliwości obniżenia przez podatnika /kupującego/ kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego na podstawie art. 19 ust. 1 wyżej powołanej ustawy VAT.
Decyzję tę Przedsiębiorstwo zaskarżyło do Naczelnego Sądu Administracyjnego domagając się jej uchylenia w całości, zarzucając organom podatkowym naruszenie przepisów prawa materialnego, a w szczególności art. 19 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz par. 35 ust. 4 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 8 grudnia 1994 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
W uzasadnieniu skargi strona przytoczyła argumentację zawartą w odwołaniu podnosząc, że z uwagi na odległy termin wyznaczony przez notariusza dla ostatecznego sfinalizowania umowy kupna - sprzedaży nieruchomości, akt notarialny przenoszący własność nieruchomości został sporządzony dopiero w dniu 7 marca 1995 r., a więc po wystawieniu faktury przez sprzedającego, tj. Spółdzielnię. W konkluzji uzasadnienia skarżące Przedsiębiorstwo podniosło, że w przypadku nie dokonania odliczenia podatku VAT w terminie określonym w art. 19 ust. 3 wyżej cytowanej ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, tj. w miesiącu otrzymania faktury lub następnym podatnik bezpowrotnie utraciłby prawo do takiego odliczenia. Jednocześnie podkreślono, że należny podatek od towarów i usług z tytułu sprzedaży nieruchomości został wpłacony zgodnie z obowiązującymi przepisami przez sprzedającą Spółdzielnię na konto urzędu skarbowego.