Protokół z kontroli podatkowej został doręczony Stronie w dniu 10.10.2017 r. Do protokołu kontroli podatkowej zostały złożone zastrzeżenia. Skarżący wskazał, że w dniu 21.06.2012 r. dokonał zgłoszenia VAT-R deklarując się jako podatnik VAT od działalności zgłoszonej we wpisie do działalności gospodarczej. W dniu [...].07.2012 r. dokonał zakupu ciągnika rolniczego (sfinansowanego w znacznej części z dotacji z ARiMR), pomoc tą uzyskał pod warunkiem podjęcia działalności gospodarczej. W miesiącu sierpniu złożył deklarację VAT-7, w której ujął też zakup tego ciągnika oraz zawnioskował o zwrot podatku VAT. Urząd Skarbowy przeprowadził czynności sprawdzające, w tym celu przekazał kopię faktury zakupu ciągnika oraz oświadczenie o źródłach finansowania zakupu. W wyniku dokonanego sprawdzenia otrzymał zwrot podatku w kwocie 59.340,00 zł. Zdaniem Skarżącego twierdzenie zawarte w protokole, że przez cały czas był tylko rolnikiem ryczałtowym jest bezpodstawne, gdyż składając VAT-R oraz deklaracje VAT-7 do Urzędu Skarbowego był i jest przekonany, że robi wszystko prawidłowo. Dodał, że w skład usług jako rolnika ryczałtowego wchodziły również inne usługi między innymi transportowe, choć nie były imiennie wykazane.
NUS wszczął z urzędu wobec Skarżącego postępowanie podatkowe w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od lipca 2012 r. do grudnia 2012 r., a w dniu [...] lipca 2018 r. wydał decyzję nr [...] w przedmiocie określenia Stronie w podatku od towarów i usług:
1) za miesiąc lipiec 2012 r.: kwoty do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 0 zł, kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 0 zł, zobowiązania podatkowego w trybie art. 108 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w wysokości 317 zł z tytułu wystawienia: w dniu [...] lipca 2012 r. faktury VAT nr [...], wartość netto: 1560 zł, podatek: 124,80 zł, w dniu [...] lipca 2012 r. faktury VAT nr [...], wartość netto: 1560 zł, podatek: 124,80 zł, w dniu [...] lipca 2012 r. faktury VAT nr [...], wartość netto: 840 zł, podatek: 67,20 zł,
2) za miesiąc sierpień 2012 r.: kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 0 zł,
3) za miesiąc wrzesień 2012 r.: kwoty do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 0 zł, kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 0 zł, zobowiązania podatkowego w trybie art. 108 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w wysokości 208 zł z tytułu wystawienia: w dniu [...] września 2012 r. faktury VAT nr [...], wartość netto: 2600 zł, podatek: 208 zł,