Organ interpretacyjny złożył skargę kasacyjną od powyższego wyroku, oddaloną przez Naczelny Sąd Administracyjny orzeczeniem z dnia 22 lutego 2011r., sygn. akt IIFSK 1609/10. Tym samym organ - będąc związanym wyrokiem Sądu - zobligowany został rozpoznać sprawę ponownie.
Pismem z dnia 29 grudnia 2010r. W.K. wniósł o stwierdzenie nieważności - przytoczonej powyżej - ostatecznej decyzji organu pierwszej instancji z dnia [...] (znak: [...]).
W uzasadnieniu wniosku - powołując się na podstawę stwierdzenia nieważności określoną w art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej - wyjaśnił przede wszystkim, że decyzja Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w G. (z dnia [...]) wydana została z rażącym naruszeniem prawa poprzez dokonanie nieprawidłowej wykładni art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Podatnik wskazał, że w związku z powzięciem wiadomości o korzystnym, dla osoby w tożsamej sytuacji co on, rozstrzygnięciu dla osoby w tożsamej sytuacji co on, rozstrzygnięciu Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 20 lutego 2008r., sygn. akt I SA/Gl 888/07, sam wystąpił o wydanie indywidualnej interpretacji w zakresie opodatkowania dochodów uzyskanych z tytułu umowy o pracę w firmie A S.A. Oddział w Polsce przy wykonywaniu zadań związanych z realizacją kontraktu nr [...] w ramach projektu: "Modernizacja gospodarki ściekowej w G." finansowanego z Funduszu Spójności. Przywołał także dotychczasowy przebieg postępowania akcentując, iż pismem z dnia [...] (znak: [...]) organ interpretacyjny wydał niekorzystną dla niego indywidualną interpretacji, zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w G., który to orzeczeniem dnia 25 marca 2010r., sygn. akt I SA/Gl 325/09 uchylił tę interpretację. Organ interpretacyjny złożył skargę kasacyjną, która została oddalona jako niezasadna.
Na poparcie swojego wniosku W.K. przywołał powyższy wyrok, a także zaznaczył, że po dacie wydania przedmiotowej decyzji sądy administracyjne wydały szereg orzeczeń, których przedmiotem była wykładnia art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, np.: wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 10 stycznia 2008r., sygn. akt I SA/Gl 880/07, wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 13 czerwca 2007r., sygn. akt I SA/Kr 1555/06 oraz wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 23 października 2008r. sygn. akt II FSK 993/07, z dnia 15 października 2008r. sygn. akt II FSK 1167/08, z dnia 30 października 2008r. sygn. akt II FSK 1071/07, z dnia 13 lutego 2008r. sygn. akt II FSK1720/06, z dnia 14 stycznia 2009r. sygn. akt II FSK 1457/07.
W przedmiotowym wniosku wskazał, iż jego zdaniem przytoczone orzecznictwo wskazuje, że "o ile dany program jest finansowany ze środków bezzwrotnej pomocy, to dochody pracownika bezpośrednio realizującego ten program podlegają zwolnieniu z podatku w części, w jakiej program ten jest finansowany z tych środków".