Zdaniem Skarżącego, jego wykreślenie z urzędu z rejestru podatników podatku od towarów i usług powinno być poprzedzone działaniami, w wyniku których organ ustala, czy istnieje podstawa do dokonania tej czynności. W konsekwencji usunięcia ze wspomnianej ewidencji podatnik traci bowiem odliczenie naliczonego podatku od towarów i usług. Dlatego, w ocenie Spółki, jej wykreślenie z rejestru podatników podatku od towarów i usług nie jest czynnością materialno-techniczną i powinno nastąpić w formie decyzji administracyjnej.
W odpowiedzi na skargę, Naczelnik Urzędu Skarbowego wniósł o jej oddalenie. Uzasadniając swoje zapatrywanie, wskazał on na to, że w art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług nie rozstrzyga się kwestii formy, w jakiej winno nastąpić wykreślenie podatnika z rejestru. Zdaniem Organu podatkowego, obowiązek poprzedzenia tej czynności przeprowadzonym postępowaniem podatkowym i dokonania jej w decyzji nie jest też kształtowany w innych przepisach prawa podatkowego. Dlatego, wspomniana aktywność administracji podatkowej powinna być klasyfikowana jako czynność techniczna. W konsekwencji, dla wykreślenia konkretnej osoby z rejestru podatników podatku od towarów i usług nie jest konieczne przeprowadzenie postępowania podatkowego oraz wydanie decyzji.
Dodatkowo, Organ podatkowy powołał się na dwie okoliczności. Wskazał on na to, że wcześniej Spółka została już wykreślona z rejestru podatników VAT-UE. Przed wykreśleniem Spółki z rejestru podatników podatku od towarów i usług, Organ podatkowy podjął zaś starania, aby nawiązać bezpośredni kontakt ze Skarżącym. Czynności faktyczne podjęte w tym zakresie, takie jak przeszukiwania dostępnych baz danych, w tym m.in. POLTAX, SERCE, czy też Internetu nie doprowadziły jednak do ustalenia numeru telefonu czy adresu e-mail. W konsekwencji, nie było możliwe nawiązanie kontaktu z Podatnikiem w celu przekazanie informacji o konieczności złożenia wyjaśnień, na które wskazuje się w art. 96 ust. 9e ustawy o podatku od towarów i usług.
Z tych względów, w przekonaniu Naczelnika Urzędu Skarbowego uprawnione jest twierdzenie, iż w sprawie nie doszło do naruszenia art. 96 ust. 9e ustawy o podatku od towarów i usług. Organ podatkowy, stosując się do tej regulacji prawnej poczynił bowiem starania, nakierowane na umożliwienie Podatnikowi złożenia stosownych wyjaśnień. Nie nastąpiło to jednak z przyczyn niezależnych od Naczelnika Urzędu Skarbowego.