Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Wojciech Organiściak (spr.), Sędziowie WSA Dorota Kozłowska, Anna Tyszkiewicz-Ziętek, Protokolant Dominika Zabielska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 22 marca 2017 r. sprawy ze skargi A Sp. z o.o. w R. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. oddala skargę.
Dyrektor Izby Skarbowej w K. działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29.08.1997r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2015r. poz. 613 z późn. zm., dalej O.p.) a także przepisów ustawy z dnia 15.02.1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. Nr 54 z 2000r., poz. 654 z późn. zm., dalej u.p.d.o.p.) decyzją z dnia [...]r. (Nr [...] [...]) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w R. z dnia [...]r. (Nr [...]) odmawiającą A. Sp. z o.o. z siedzibą w R. (dalej jako Spółka) stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 rok w wysokości [...] zł wykazanej w korekcie zeznania CIT-8 złożonej w dniu 30.12.2015r. wraz z wnioskiem o zwrot nadpłaty z dnia 30.12.2015r.
Prezentując dotychczasowy przebieg postępowania organ odwoławczy wskazał, że w dniu [...]r. A. Sp. z o.o. złożyła w Urzędzie Skarbowym w R. zeznanie CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 01.01.2009r. do 31.12.2009r., w którym wykazała: Przychody [...] zł; Koszty uzyskania przychodu [...] zł; Dochód [...] zł; Podstawa opodatkowania [...] zł; Podatek należny (19%) [...] zł.
W dniu 3.04.2012r. A. Sp. z o.o. złożyła w Urzędzie Skarbowym w R. korektę zeznania CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 01.01.2009 r. do 31.12.2009 r., w której jako podatek należny wykazała kwotę [...] zł.
Następnie w dniu 30.12.2015r. do organu pierwszej instancji wpłynęła kolejna korekta zeznania CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 01.01.2009r. do 31.12.2009r. i CIT-8/0 - Informacja o odliczeniach od dochodu i od podatku oraz dochodach wolnych i zwolnionych od podatku wraz z wnioskiem z dnia 30.12.2015r. o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009r. w wysokości [...] zł. W powyższej korekcie zeznania CIT-8 Spółka wykazała: Przychody [...] zł; Koszty uzyskania przychodu [...] zł; Dochód [...] zł; Dochody wolne [...] zł (wykazane w CIT-8/0); Podstawa opodatkowania [...] zł; Podatek należny (19%) [...] zł; Suma wpłaconych zaliczek [...] zł; Nadpłata [...] zł.
W uzasadnieniu powyższego wniosku o nadpłatę prezes zarządu Spółki wskazał, że: "Na podstawie art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 2 pkt 1 lit. a), art. 81 § 1 i § 2 O.p. (...) A. Sp. z o.o. (...) wnosi o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009r. w wysokości [...] złotych (...) poprzez zaliczenie tej nadpłaty na poczet podatku dochodowego za rok 2015 w wysokości [...] złotych, kwoty [...] złotych jako zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za 1 kwartał 2016 roku, pozostałą część w kwocie [...] złotych jako rozliczenie PIT-4 płatnego w roku 2016".
Spółka podkreślała, że przyczyną korekty jest interpretacja ogólna Ministra Finansów z dnia [...]r. w zakresie kwalifikowania NZOZ jako podatników podatku dochodowego od osób prawnych. W uzasadnieniu wniosku podano m. in., że: "W ramach Spółki funkcjonował wyodrębniony organizacyjnie oraz prowadzący działalność związaną z ochroną zdrowia Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej o pełnej nazwie Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej A. Spółka z o.o. w R.(zwany dalej: "NZOZ A.") (...) utworzony został w roku 1999 a wpisany do rejestru zakładów opieki zdrowotnej w dniu 8 grudnia 2000r., pod numerem księgi rejestrowej [...] prowadzonej przez [...] Urząd Wojewódzki w K. Dalej wskazano na art. 8 ust. 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 1991 r. o zakładach opieki zdrowotnej obowiązujący do dnia 30 czerwca 2011 r. Ponadto powołano się na Statut Niepublicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej A. obowiązujący w 2009r. We wniosku podano także, iż: "Dzięki szczegółowemu określeniu struktury organizacyjnej NZOZ A. w roku 2009 istniała możliwość wyodrębnienia z majątku Spółki składników majątkowych, które były wykorzystywane przez NZOZ A. do wykonywania świadczeń medycznych. Co więcej wyodrębnienie organizacyjne NZOZ OŚRODKA przejawia się również w szczegółowym określeniu osoby zarządzającej NZOZ (Kierownik Niepublicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej) oraz poszczególnymi jednostkami organizacyjnymi (Dyrektorzy Zakładów i Kierownicy Komórek organizacyjnych) (...). W sensie formalnym NZOZ A. był jednostką odrębną Spółki, co zostało potwierdzone decyzją Wojewody [...] o wpisie NZOZ A. do Rejestru. (...) działalność w zakresie udzielania świadczeń zdrowotnych była świadczona wyłącznie poprzez usługę/działanie NZOZ A. Spółka - skoro nie była wpisana do Rejestru - nie mogła udzielać świadczeń zdrowotnych w systemie ubezpieczeń zdrowotnych". We wniosku wskazano, że księgi rachunkowe są prowadzone formalnie przez spółkę i rzeczywiście dokumentują zdarzenia ekonomiczne NZOZ A..