Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Paweł Kornacki, Sędzia WSA Adam Nita, Asesor WSA Monika Krywow (spr.), po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 4 marca 2021 r. sprawy ze skargi A S.A. w Z. na postanowienie Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy uzupełnienia decyzji 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach z dnia [...], nr [...]; 2) zasądza od Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 597 (pięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Postanowieniem z [...] r. nr [...], wydanym m.in. na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 216, art. 217 § 1 i art. 239 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2018 r. poz. 800 ze zm., dalej jako "O.p."), Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach (dalej jako "organ celno-skarbowy"), po rozpatrzeniu zażalenia A S.A. (dalej jako "podatniczka" lub "Spółka") utrzymał w mocy własne postanowienie z [...]r. nr [...] odmawiające, na podstawie art. 213 § 5 O.p., uzupełnienia decyzji tego organu z [...]r. nr [...] w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r., poprzez zawarcie w jej sentencji rozstrzygnięcia w zakresie określenia kwoty podatku objętego zwolnieniem z obowiązku zapłaty z uwagi na zastosowanie się do interpretacji indywidualnej.
Powyższe postanowienie zapadło w następującym stanie faktycznym i prawnym:
W toku postępowania prowadzonego przez organ celno-skarbowy w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. Spółka złożyła, wraz z pismem stanowiącym ustosunkowanie się do wyników kontroli, wniosek o określenie w decyzji kwoty podatku objętego zwolnieniem z obowiązku zapłaty zgodnie z art. 14m § 3 w związku z art., 14m § 1 O.p., bowiem zastosowała się do wydanej na jej rzecz interpretacji indywidulanej wydanej przez działającego z upoważnienia Ministra Finansów Dyrektora Izby Skarbowej w K. z [...]r., nr [...].
Decyzją z dnia [...]r. organ celno-skarbowy określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. w wysokości [...] zł.
Organ celno-skarbowy stwierdził, że podatniczka zawyżyła koszty uzyskania przychodów z tytułu: a) opłat licencyjnych ponoszonych na rzecz "B" sp. z o.o. sp. komandytowa, "B" sp. z o.o. sp. k.; b) kosztów spółki "B" sp. z o.o. sp. k. od nienależnie naliczonej amortyzacji podatkowej z tytułu praw do znaków towarowych; c) składek członkowskich; d) usług doradztwa podatkowego. Wskazał także, w odpowiedzi na złożony wniosek o zawarcie rozstrzygnięcia na podstawie art. 14m § 3 O.p., że Spółka nie może korzystać z waloru ochronnego interpretacji indywidualnej w niniejszej sprawie.
Powyższa decyzja została doręczona pełnomocnikowi Spółki w dniu [...]r.
Pismem z dnia 11 sierpnia 2020 r. podatniczka, reprezentowana przez pełnomocnika w osobie radcy prawnego, wniosła do organu celno-skarbowego o uzupełnienie, na podstawie art. 213 § 1 w zw. z art. 14m § 3 O.p., decyzji tego organu z dnia [...]r., poprzez zawarcie w jej osnowie rozstrzygnięcia w zakresie dotyczącym jej wniosku o uwzględnienie w treści decyzji wysokości podatku objętego zwolnieniem z obowiązku zapłaty z uwagi na zastosowanie się do otrzymanej interpretacji podatkowej.
W ocenie pełnomocnika skarżącej, art. 14m § 3 O.p. nakłada na organ obowiązek rozstrzygnięcia w decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego również kwestii wysokości podatku objętego zwolnieniem z obowiązku zapłaty, jeżeli podatnik złoży wniosek w tym zakresie. Obowiązek ten powinien zostać zrealizowany niezależnie od tego czy organ uzna, że w danym wypadku podatnik miał prawo do skorzystania z ochrony płynącej z interpretacji indywidualnej, czy nie był uprawniony do skorzystania z takiej ochrony. Wynika to z faktu, że inny i niezależny od siebie jest zakres praw i obowiązków wynikający z: 1) określenia wysokości zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p., 2) określenia/odmowy określenia wysokości podatku objętego zwolnieniem z obowiązku zapłaty na podstawie art. 14m § 3 O.p. O ile w pierwszym przypadku rozstrzygnięcie dotyczy prawidłowej wysokości kwoty zobowiązania podatkowego wynikającej z zastosowania odpowiednich przepisów ustaw podatkowych w sprawie podatnika, o tyle w drugim przypadku rozstrzygnięcie obejmuje zupełnie niezależną od samej wysokości zobowiązania podatkowego kwestię uznania/ odmowy uznania ochrony wynikającej z zastosowania się przez podatnika do interpretacji indywidualnej (ogólnej) nieuwzględnionej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Innymi słowy, z samego tylko rozstrzygnięcia o wysokości zobowiązania podatkowego nie wynika, czy podatnikowi, który błędnie zadeklarował wysokość zobowiązania podatkowego, przysługuje ochrona wynikająca z zastosowania się do takiej interpretacji, czy też ochrona taka mu nie przysługuje.