Dla potrzeb stosowania ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w art. 1a pkt 2 tej ustawy przewidziano, iż pojęcie "spółka kapitałowa" obejmuje swym zakresem spółkę akcyjną, spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością oraz spółkę europejską. Zaś spółka komandytowa w myśl art. 1a pkt 1 ww. ustawy jest uznana dla potrzeb podatku od czynności cywilnoprawnych za spółkę osobową.
Zdaniem Wnioskodawcy, z powyższego wynika, iż w świetle prawa krajowego Spółka Przekształcona nie jest traktowana jak spółka kapitałowa na potrzeby podatku od czynności cywilnoprawnych. Przy takiej kwalifikacji spółki komandytowej wyłączenie z opodatkowania przewidziane dla umów spółek i ich zmian uregulowane w art. 2 pkt 6 lit. b) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (interpretowane wyłącznie na gruncie prawa krajowego) nie mogłoby znaleźć zastosowania do przekształcenia SA w Spółkę Przekształconą. W ocenie Wnioskodawcy gdyby rzeczywiście z zakresu przedmiotowego art. 2 pkt 6 lit. b) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. wyłączenia z opodatkowania przewidzianego dla przekształcenia "spółki kapitałowej" w inną "spółkę kapitałową") miałoby być wyłączone przekształcenie spółki akcyjnej w spółkę komandytową, prowadziłoby to do niezgodności przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (w zakresie opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych spółek komandytowych) z przepisami dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE L 46/11, dalej: "dyrektywa 2008/7"). Wnioskodawca wskazał, że w świetle przepisów dyrektywy (oraz poprzedzającej ją dyrektywy Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE L. 1969 nr 249 poz. 25, dalej: "dyrektywa 69/335")), spółka komandytowa powinna być traktowana jak spółka kapitałowa na potrzeby podatku od czynności cywilnoprawnych. Powinna ona być zatem opodatkowana tym podatkiem według tych samych zasad (w tym m. in. z uwzględnieniem tych samych wyłączeń i zwolnień z podatku, które zostały przewidziane przez polskiego ustawodawcę dla spółek kapitałowych).
Uzasadniając to, że Spółka Przekształcona jest spółką kapitałową w świetle dyrektywy 2008/7, Wnioskodawca tytułem wstępu wskazał, że podatek od czynności cywilnoprawnych jest bezsprzecznie podatkiem kapitałowym w rozumieniu dyrektywy 2008/7, która zastąpiła wcześniejszą dyrektywę 69/335. Przy czym brzmienie obecnie obowiązującej dyrektywy 2008/7, w zakresie definiowania spółki kapitałowej, nie uległo zmianie. Postanowienia dyrektywy 2008/7 zostały implementowane do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych z dniem 1 stycznia 2009 r. ustawą z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 209, poz. 1319).