Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Zbigniew Romała (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Irena Wesołowska, Sędzia WSA Ewa Wojtynowska, Protokolant Starszy Sekretarz Sądowy Monika Szymańska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 5 grudnia 2012 r. sprawy ze skargi R. S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia 28 maja 2012 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2004 r. do maja 2005 r. oraz od lipca 2005 r. do grudnia 2006 r. oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia 28 maja 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej, po rozpatrzeniu odwołania R. S., utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 13 grudnia 2011 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2004 r. do maja 2005 r. oraz od lipca 2005 r. do grudnia 2006 r.
Stan faktyczny sprawy przedstawia się następująco:
W wyniku przeprowadzonej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej kontroli podatkowej dotyczącej prowadzonej przez R. S. pod nazwą [...] "A" działalności gospodarczej ww. organ podatkowy w dniu 21 grudnia 2010 r. wydał decyzję, w której dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2004 r. do maja 2005 r. oraz od lipca 2005 r. do grudnia 2006 r. w sposób odmienny aniżeli podatnik w złożonych za te miesiące deklaracjach dla podatku od towarów i usług VAT-7.
W wyniku wniesionego od powyższej decyzji odwołania Dyrektor Izby Skarbowej decyzją z dnia 13 maja 2011 r. uchylił w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, ponieważ rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.
Po przeprowadzeniu uzupełniającego postępowania dowodowego Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w dniu 13 grudnia 2011 r. wydał decyzję, w której dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2004 r. do maja 2005 r. oraz od lipca 2005 r. do grudnia 2006 r. w sposób odmienny aniżeli podatnik w złożonych za te miesiące deklaracjach dla podatku od towarów i usług VAT-7.
Organ pierwszej instancji zakwestionował prawo podatnika do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony uwidoczniony na fakturach VAT wystawionych przez następujące podmioty:
1. "B" Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W., ul. [...] - dalej jako "B" (łączna kwota podatku naliczonego wynikającego z 47 faktur VAT wynosi 218.315,30 zł),
2. "C" Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W., ul. [...] - dalej jako "C" (łączna kwota podatku naliczonego wynikającego z 11 faktur VAT wynosi 40.282 zł),
3. "D" Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W., ul. [...] - dalej jako "D" (łączna kwota podatku naliczonego wynikającego z 23 faktur VAT wynosi 69.906,76 zł),
4. "E" Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W., ul. [...] - dalej jako "E" (łączna kwota podatku naliczonego wynikającego z 76 faktur VAT wynosi 208.988,54 zł).
W wyniku przeprowadzonych czynności wyjaśniających organ podatkowy stwierdził, że ww. faktury VAT dokumentują transakcje, które w rzeczywistości nie miały miejsca, w związku z czym podatnikowi, na podstawie § 14 ust. 2 pkt 4a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.) - dalej jako "rozporządzenie wykonawcze" (w okresie od grudnia 2004 r. do maja 2005 r.) i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) - dalej jako "ustawa o VAT" (w okresie od lipca 2005 r. do grudnia 2006 r.), nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z tych faktur VAT.