Art. 4 ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. wyznacza jedynie podstawę opodatkowania budowli podlegających amortyzacji. Jest to wartość, o której mowa w przepisach o podatkach dochodowych, ustalona na dzień 1 stycznia roku podatkowego, stanowiąca podstawę obliczania amortyzacji w tym roku, niepomniejszona o odpisy amortyzacyjne, czyli wartość początkowa. Przywołany przepis wskazuje sposób ustalenia podstawy opodatkowania budowli, przy zastrzeżeniu, że muszą to być budowle realnie istniejące, rzeczywiste obiekty budowlane bądź urządzenia budowlane. Muszą one być materialne, a więc musi być najpierw spełniony art. 2 ust. 1 u.p.o.l. w zw. z art. za ust. 1 pkt 1 albo art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l., po to by mogła zaktualizować się przesłanka zastosowania art. 4 ust. 1 pkt 3 u.p.o.l.
Podsumowując, słusznie zarzuciła skarżąca Spółka, że organ dokonał błędnej wykładni art. 4 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 2 ust. 1 u.p.o.l. oraz w następstwie tej błędnej wykładni niewłaściwie zastosował powołane przepisy do siedmiu nieistniejących, całkowicie fizycznie zlikwidowanych budowli.
Jak wynika z wniosku o wydanie interpretacji, wątpliwa pozostawała również kwestia opodatkowania pozostałych środków trwałych ujętych w ewidencji prowadzonej przez Spółkę. Spółka wskazała, że w ewidencji tej ujęto środki trwałe jako budowle, które miały niejednorodny charakter, obejmując nie tylko budowle, ale też elementy budowlami niebędące. Prowadziło to zdaniem Spółki do zawyżenia podstawy opodatkowania. Z materialnymi obiektami nie były skorelowane odpowiadające im pozycje ewidencyjne oraz wartości początkowe, które byłyby zgodne ze stanem faktycznym i przepisami. Brak było zatem tożsamości pomiędzy środkami trwałymi ujętymi w ewidencji a budowlami stanowiącymi przedmiot opodatkowania podatkiem od nieruchomości.
Skarżąca podjęła działania w celu usunięcia tych niezgodności. Na podstawie opinii biegłego rzeczoznawcy z dniem 30 kwietnia 2018 r. wprowadzono zmiany w ewidencji środków trwałych poprzez księgową likwidację środków trwałych na łączną kwotę 2.414.526,89 zł oraz przyjęcie do ewidencji nowych środków trwałych na łączną kwotę 2.063.749 zł.
Zdaniem Spółki, wartości stanowiące obecnie podstawę obliczania amortyzacji dla budowli Spółki, ustalone przez rzeczoznawcę majątkowego, powinny stanowić podstawę opodatkowania budowli podatkiem od nieruchomości w okresie 2013-2018.
Zdaniem organu natomiast, w przypadku budowli, od których dokonuje się odpisów amortyzacyjnych, podstawę ich opodatkowania podatkiem od nieruchomości stanowi wyłącznie wartość przyjęta do celów amortyzacji podatkowej, a nie wartość rynkowa. Podstawa opodatkowania powinna zostać zatem ustalona