Nie ulega wątpliwości, iż wprowadzenie do wykładni art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ dodatkowych elementów, takich jak to czy strona umowy zajmuje się profesjonalnie /tu/ obrotem nieruchomościami czy też nie, jest nieporozumieniem. Skoro przedmiotem umowy są między innymi budynki, które służyły sprzedawcy do prowadzenia jego działalności gospodarczej /poza sporem/ to czynność prawna polegająca na sprzedaży własnego majątku związanego z tą działalnością staje się podstawą do stwierdzenia, że dany podmiot jest podatnikiem podatku VAT w odniesieniu do tej konkretnej transakcji.
W tej sprawie strona sprzedająca jest podatnikiem podatku od towarów i usług, co wyczerpuje dyspozycję art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Wojciecha L., Tomasza Dz., Ireneusza C. - wspólników Spółki cywilnej "W.-F." w W. na decyzję Izby Skarbowej w G. z dnia 28 lutego 2001 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty i zwrotu opłaty skarbowe - uchyla zaskarżoną decyzję;
Decyzją z dnia 12 października 2000 r. Urząd Skarbony z P., kierując się m.in. art. 79 par. 1 Ordynacji podatkowej art. 1 ust. 1 pkt 2 lit. "a", art. 3 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ oraz par. 58 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./, po rozpatrzeniu wniosku Wojciecha L., Tomasza Dz. i Ireneusza C. - wspólników "W.-F." s.c., w sprawie zwrotu nadpłaty opłaty skarbowej w kwocie 60.000 zł pobranej przez notariusza od umowy sprzedaży i ustanowienie hipoteki z dnia 28 kwietnia 1999 r., nie stwierdzono nadpłaty w opłacie skarbowej.
W uzasadnieniu swej decyzji, organ I instancji wskazał, że aktem notarialnym sporządzonym przed notariuszem podatnicy nabyli prawo wieczystego użytkowania gruntu oraz prawo własności budynku socjalnego oraz budynków kolonijnych i gospodarczo -mieszkalnych w miejscowości T. Wartość przedmiotu określono w umowie na kwotę 1.200.000 zł, od której notariusz pobrał opłatę skarbową według stawki 5 procent, określonej w par. 58 ust. 1 pkt 1 cyt. rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej. Podatnicy wnieśli o zwrot opłaty skarbowej na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej w zw. z art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym. Zdaniem organu I instancji przedmiotowa umowa objęta jest zakresem przedmiotowym dwóch ustaw podatkowych, a mianowicie ustawy o opłacie skarbowej oraz ustawy o VAT. Ponieważ zakresy opodatkowania podatkiem VAT oraz opłatą skarbową nie pokrywają się, stąd konieczność ustalenia w tej sprawie, której z ww. danin podlega przedmiotowa umowa sprzedaży w świetle art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o płacie skarbowej /w brzmieniu nadanym art. 42 ustawy o VAT/. Zgodnie z ww. przepisem nie podlegają opłacie skarbowej m.in. umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 5 ustawy o VAT, a także inne tego rodzaju umowy, objęte zwolnieniami na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2, oraz umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 14 tej ustawy, w zakresie czynności zwolnionych od podatku. Pierwszy człon powołanego przepisu wyklucza opodatkowanie umowy sprzedaży opłatą skarbową, jeżeli na zbywcy ciąży obowiązek uiszczenia podatku VAT i wystawienia faktury lub rachunku uproszczonego, wskazującego, że od konkretnej umowy został zaliczony VAT. Z drugiego natomiast członu wynika wyłączenie opodatkowania opłatą skarbową umów objętych zwolnieniem na podstawie enumeratywnie wskazanego przepisu ustawy o podatku VAT. W przedmiotowej sprawie, zdaniem organu I instancji, sprzedaż nieruchomości została zakwalifikowana przez zbywcę jako czynność cywilnoprawna zwolniona z podatku VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5; wynika z tego, że umowa ta nie zrodziła obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług. Ponadto dyspozycja art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej nie stanowi podstawy do wyłączenia obowiązku uiszczenia opłaty skarbowej w stosunku do umów zawartych przez podatników zwolnionych od podatku VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5. W tej sytuacji przedmiotowa umowa podlega opłacie skarbowej według stawki w wysokości 5 procent, na podstawie par. 58 ust. 1 pkt 1 cyt. rozporządzenia Ministra Finansów.