Przepis art. 9 ust. 3 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 1993 nr 90 poz. 416 ze zm./ stanowił, że: "stratę ze źródła przychodów poniesioną w roku podatkowym, a także /i/ straty ze źródeł przychodów, z których dochody były wolne od podatku dochodowego, pokrywa się w równych częściach z dochodu uzyskanego z tego źródła w najbliższych, kolejno po sobie następujących trzech latach podatkowych".
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Bożeny i Janusza małżonków M. na decyzję Izby Skarbowej w Gdańsku z dnia 20 listopada 1998 r. (...) w przedmiocie określenia zaległości w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1995 r. oraz odsetek za zwłokę - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
Izba Skarbowa w G. decyzją z dnia 20 listopada 1998 r. (...), po rozpatrzeniu odwołania Bożeny i Janusza małżonków M., utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w T. z dnia 24 czerwca 1998 r., mocą której określono podatnikom za rok 1995 zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych w wysokości 86.623,40 zł, zaległość w tym podatku w kwocie 64.123,40 zł oraz od tej zaległości odsetki za zwłokę w wysokości 73.704,- zł wyliczone na dzień wydania decyzji. W podstawie prawnej decyzji pierwszoinstancyjnej wymieniono przepisy art. 1, art. 6 ust. 2, art. 9, art. 10 ust. 1 pkt 1, 3, 9, art. 12, art. 14, art. 16, art. 23 ust. 1, art. 24 ust. 3, art. 26 ust. 1, art. 27 ust. 1, art. 44 ust. 4 i art. 45 ust. 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 1993 nr 90 poz. 416ze zm./.
Decyzja pierwszoinstancyjna stanowiła wynik sprawdzenia zeznania podatkowego za rok 1995 o wysokości wspólnych dochodów małżonków, w którym podatnicy wykazali należny podatek dochodowy od osób fizycznych w kwocie 22.094,10 zł poprzedzając jego obliczenie pomniejszeniem dochodu o 1/3 straty z lat ubiegłych w wysokości 308.940,56 zł. Uznanie, iż podatnikom nie przysługuje prawo do odliczenia wykazanej straty oraz dokonanie innych korekt w zakresie przychodów i kosztów ich uzyskania legło u podstaw wydanej decyzji pierwszoinstancyjnej.
W odwołaniu /i jego uzupełnieniu/ od tej decyzji podatnicy domagali się odliczenia przedmiotowej straty wskazując, iż od dnia 1 stycznia 1992 r. przestało obowiązywać rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 6 lutego 1989 r. w sprawie zwolnienia od podatku dochodowego dochodów z tytułu niektórych rodzajów działalności gospodarczej /Dz.U. nr 3 poz. 20 ze zm./ i wobec tego dochody podatników z prowadzonej przez nich działalności gospodarczej przestały być objęte tym zwolnieniem. Zdaniem podatników zapis art. 9 ust. 3 cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w części dotyczącej odliczania strat ze źródeł przychodów, których dochody są zwalniane od opodatkowania był niejednoznaczny. Podatnicy zwrócili również uwagę na to, że w uzasadnieniu decyzji Urzędu Skarbowego w T. z dnia 31 stycznia 1995 r. w sprawie odmowy zaniechania poboru podatku od towarów i usług stwierdzono m.in., że przysługiwało im prawo do odliczania strat z lat ubiegłych.
Po przytoczeniu treści art. 9 ust. 3 cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych organ odwoławczy zauważył, iż z literalnego brzmienia tego przepisu wynikało, że jednym z wyjątków od obowiązującej zasady odliczeń strat z lat ubiegłych była strata dotycząca źródła przychodów, z których dochody były wolne od podatku dochodowego. Dochody z prowadzonej przez podatników działalności gospodarczej podlegały zwolnieniu od podatku dochodowego na podstawie przepisów powołanego wcześniej rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 6 lutego 1989 r. w okresie od 21 grudnia 1991 r. do 20 grudnia 1994 r. W ocenie organów podatkowych przedstawiona sytuacja sprawiała, iż strat poniesionych w okresie zwolnienia podatkowego nie można było odliczyć od dochodów z tego źródła uzyskanych w latach następnych.