Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Joanna Zdzienicka-Wiśniewska (spr.), Sędziowie Sędzia NSA Alicja Stępień, Sędzia WSA Krzysztof Przasnyski, , , po rozpoznaniu w Wydziale I w trybie uproszczonym w dniu 21 czerwca 2022 r. sprawy ze skargi ,,P" Sp. z o.o. z siedzibą w C. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 13 grudnia 2021 r., nr 2201-IOD-4.4104.43.2021 w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Pomorskiego Urzędu Skarbowego z dnia 7 maja 2021 r. nr 2271-SPP.4104.10.2020; 2. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 125000(sto dwadzieścia pięć tysięcy) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
W dniu 28 grudnia 2018 r. została zawarta w formie aktu notarialnego umowa zbycia przedsiębiorstwa pomiędzy P. sp. z o.o. (Kupującą) a G. S., prowadzącą działalność gospodarczą pod firmą G. S. P.1 (Sprzedająca).
Przedmiotem zbycia było przedsiębiorstwo obejmujące wskazane w umowie składniki (w tym nieruchomość), z wyłączeniem składników określonych, jako składniki wyłączone. Łączna cena została w umowie określona w kwocie 1.162.879.547,00 zł, na którą składały się:
wartość nieruchomości w kwocie 37.160.000,00 zł, wartość pozostałych rzeczy, tj. ruchomości, w kwocie 11.617.974,94 zł, wartość pozostałych składników przedsiębiorstwa (należności, środki na rachunkach bankowych, pożyczki udzielone, wartości niematerialne i prawne) w kwocie 92.743.466,27 zł, nadwyżka ceny sprzedaży nad rynkową wartością rzeczy i praw majątkowych wchodzących w skład przedsiębiorstwa w kwocie 1.023.858.891,33 zł.
Podatek od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 12.116.576,00 zł został pobrany przez płatnika. Powyższą kwotę stanowiły:
-2%: wartość nieruchomości - 37. 160.00 zł, wartość ruchomości -11.617.974,94 zł;
- 1%: wartość środków finansowych - 1.720,55 zł, wartość firmy (goodwill) -1.023.858.891,33 zł, wartość pozostałych składników Przedsiębiorstwa - 90.240.960,18 zł.
W dniu 5 lipca 2019 r. strony umowy, spisały - w formie aktu notarialnego- aneks do umowy sprzedaży przedsiębiorstwa. Spółka oraz Sprzedająca dokonały korekty ceny sprzedaży przedsiębiorstwa wskazując, że ostateczna wartość ceny przedsiębiorstwa wyniosła łącznie 153.293.036,98 zł, na którą składa się: wartość nieruchomości - 37. 160.00 zł, wartość pozostałych rzeczy, to jest ruchomości wchodzących w skład Przedsiębiorstwa - 617.974,94 zł, wartość pozostałych składników Przedsiębiorstwa, to jest wartości niematerialnych i prawnych -71.997.747,51 zł oraz odpowiadająca oczekiwanym dochodom przedsiębiorstwa nadwyżka Ceny Sprzedaży nad rynkową wartością rzeczy i praw majątkowych wchodzących w skład Przedsiębiorstwa, pomniejszona o sumę zobowiązań funkcjonalnie powiązanych z Przedsiębiorstwem w kwocie 1.260.252,25 zł - w kwocie 1.033.777.556,78, stanowiąca wartość firmy.
W piśmie z dnia 9 listopada 2020 r. P. M. sp. z o.o. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 10.421.039 zł. W ocenie strony nadpłata wynika z błędnego uznania, że wskazana w umowie wartość firmy stanowi prawo majątkowe, którego wartość podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.
Naczelnik Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Gdańsku, po przeprowadzeniu postępowania podatkowego, decyzją z 7 maja 2021 r. stwierdził nadpłatę podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z zawarciem umowy sprzedaży przedsiębiorstwa z dnia 28 grudnia 2018 r., zmienionej aneksem nr 1 w kwocie 95.866,00 zł, określił wysokość zobowiązania w podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z zawarciem umowy sprzedaży przedsiębiorstwa z dnia 28 grudnia 2018 r., zmienionej aneksem nr 1 z 5 lipca 2019 r. w kwocie 12.020.710,00 zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych uiszczonego w związku z zawarciem umowy sprzedaży przedsiębiorstwa z dnia 28 grudnia 2018 r., zmienionej aneksem nr 1 z 5 lipca 2019 r. w kwocie 10.325.173,00 zł.