Możliwość zastosowania przepisu par. 54 ust. 4 pkt 4 lit. "c" rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 1995 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 154 poz. 797 ze zm./ nie jest uzależniona od uprzedniego prawomocnego orzeczenia sądu powszechnego w przedmiocie nieważności czynności cywilnoprawnej, której dokonanie zostało potwierdzone fakturą będącą przedmiotem badania i oceny organów podatkowych.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ skargę Spółki Akcyjnej w (...) na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 9 października 1998 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiąc listopad 1997 r.
Zaskarżoną decyzją z dnia 8 października 1998 r. Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 11 maja 1998 r. określającą dla Spółki Akcyjnej "E." nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym podlegającą zwrotowi za miesiąc listopad 1997 r. w kwocie 117.660 zł i ustalającą dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 153.406 zł.
Jako prawnomaterialną podstawę rozstrzygnięcia organ podatkowy podał art. 10 ust. 2, art. 19 ust. 1 i 2, art. 27 ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz par. 54 ust. 4 pkt 4 lit. "c", ust. 5 pkt 1, ust. 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 1995 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 154 poz. 797 ze zm./.
Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że Urząd Skarbowy wydając decyzję w przedmiocie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym podlegającą zwrotowi za miesiąc listopad 1997 r. oraz w przedmiocie dodatkowego zobowiązania podatkowego oparł się na wynikach kontroli przeprowadzonej w przedmiotowej Spółce w ramach której ustalono, że zawyżyła ona żądaną do zwrotu kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym o 511.354 złotych. Na powyższe ustalenie złożyły się następujące zdarzenia mające wpływ na rozliczenie podatku od towarów i usług za miesiąc listopad 1997 roku:
- zawyżenie podatku naliczonego podlegającego odliczeniu od podatku należnego o kwotę 954,95 zł spowodowane naruszeniem przez Spółkę zasad określonych przepisami par. 54 ust. 5 pkt 1, ust. 6 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (...) poprzez odliczenie podatku naliczonego z faktury VAT z dnia 28 listopada 1997 r. otrzymanej od Firmy "G." Sp. z o.o. dokumentującej zakup wyrobów ze złota,
- zawyżenie podatku naliczonego podlegającego odliczeniu od podatku należnego o kwotę 510.400 zł spowodowane naruszeniem przez Spółkę zasad określonych przepisem par. 54 ust. 4 pkt 4 lit. "c" rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (...) poprzez odliczenie podatku naliczonego z faktury VAT z dnia 21 października 1997 r. otrzymanej od Firmy "F." SA dokumentującej zakup maszyny do produkcji preform.
Ustalenia dotyczące zawyżenia podatku naliczonego w odniesieniu do kwoty 954,95 zł nie były kwestionowane w odwołaniu od decyzji Urzędu Skarbowego, a zatem Izba swoje rozważania zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji skupiła na zagadnieniu związanym z zawyżeniem podatku naliczonego o kwotę 510.400 zł.