To podatnik w sytuacji, gdy wskazuje na inną wysokość przychodów niż wynikająca z dokumentów, powinien szczegółowo, rzetelnie i w sposób nie budzący żadnych wątpliwości ową inną wysokość przychodu wykazać również dowodami z dokumentów.
W ocenie Sądu podstawowe znaczenie dla niniejszej sprawy ma sam dokument przewozowy - bilet. Wynikało z niego, że podmiotem świadczącym usługę przewozu była strona skarżąca. Nazwa i adres skarżącej spółki, a nie podmiotu niemieckiego widnieje na bilecie, a z wyciągu z regulaminu zamieszczonego na okładce biletu wynika, że wykupienie biletu jest formą zawarcia umowy między klientem a przewoźnikiem.
Dane wynikające z dokumentów w postaci biletów, ogłoszeń prasowych, faktur za usługi dotyczące druku biletów, faktur dotyczących najmu miejsc postojowych autobusów - przystanków, faktur za druk ogłoszeń prasowych, i całej dokumentacji księgowej skarżącej uzupełnione dowodami przeprowadzonymi przez organy podatkowe, pozwalały na przyjęcie, że usługi przewozu skarżąca spółka dokonywała we własnym imieniu i na własny rachunek.
W zakresie podnoszonego przez skarżącą spółkę zarzutu dotyczącego kwestii koncesji na międzynarodowe przewozy, to zdaniem Sądu wskazać należy, iż organy podatkowe nie były zobowiązane do badania tej kwestii, skoro umowy przewozu zostały skutecznie zawarte /co wynikało m.in. z biletów/, a brak było dowodu, że nie zostały one wykonane.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Przedsiębiorstwa Turystycznego "M.-T." spółka z o.o. w B. na decyzję Izby Skarbowej w B. z dnia 28 września 1999 r., (...) w przedmiocie zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 1994 - oddala skargę.
Inspektor Kontroli Skarbowej Urzędu Kontroli Skarbowej w B. w toku przeprowadzonej w Przedsiębiorstwie Turystycznym "M-T." spółka z o.o. w B. kontroli w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. stwierdził, że spółka zaniżyła wysokość należnego podatku dochodowego od osób prawnych o kwotę 544.760,40 zł powyższe nieprawidłowości mające wpływ na wysokości podstawy opodatkowania zostały przedstawione w wyniku kontroli z dnia 31 grudnia 1997 r.
Przedsiębiorstwo Turystyczne "M.-T." spółka z o.o. w B. nie zgadzając się z ustaleniami kontroli, wniosła żądanie skierowania sprawy na drogę postępowania w sprawach zobowiązań podatkowych.
Trzeci Urząd Skarbowy w B. wszczął postępowanie w przedmiotowej sprawie i wezwał spółkę do złożenia ewentualnych dowodów i wyjaśnień odnośnie poczynionych ustaleń i wskazanie okoliczności faktycznych i prawnych, mających znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Do dowodów w sprawie Urząd Skarbowy włączył również, jako mające wpływ na rozstrzygnięcie przedmiotowej sprawy, protokół z badania dokumentów i ewidencji z dnia 30 czerwca 1997 r. oraz wynik kontroli z dnia 25 lipca 1997 r. z czynności kontrolnych przeprowadzonych przez Inspektora Kontroli Skarbowej Urzędu Kontroli Skarbowej w B. w Przedstawicielstwie w Polsce Niemieckiego Biura Podróży "M.-T." z siedzibą w Bydgoszczy w zakresie rozliczeń z budżetem za rok 1995 r.
Decyzją z dnia 15 czerwca 1999 r. Trzeci Urząd Skarbowy w B. określił należny podatek dochodowy od osób prawnych za 1994 r. w prawidłowej wysokości oraz zaległość w tym podatku, a także stosowne odsetki za zwłokę od tej zaległości podatkowej na dzień wydania decyzji.
Trzeci Urząd Skarbowy w B. stwierdził nieprawidłowości, które miały wpływ na wysokość podstawy opodatkowania i powstały na skutek:
1. Zaniżenia przychodów ze sprzedaży biletów na przejazdy autokarowe w ramach linii tzw. "T." w kwocie 2.796.420,80 zł;
2. Zaniżenia kosztów uzyskania przychodów w łącznej kwocie 1.543.086,89 zł z tytułu:
a/ wydatków poniesionych przez Spółkę w związku z obsługą linii autobusowej tzw. "T." w wysokości 1.062.432,90 zł,
b/ prowizji pobranej przez agentów pośredniczących w sprzedaży na terenie kraju biletów autobusowych na przejazdy na liniach tzw. "T." na kwotę 370.274,73 zł,
c/ nie opodatkowania podatkiem od towarów i usług importu usług na łączną kwotę 110.379,26 zł.
3. Zawyżenia kosztów uzyskania przychodów na łączną kwotę 108.567,46 zł z tytułu:
a/ zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów ujemnych różnic kursowych związanych z przekazywaniem środków pieniężnych za granicę na rzecz "M.-T." Reiseburo M. z siedzibą w A., uzyskanych ze sprzedaży biletów na przejazdy na liniach tzw. "T." na kwotę 104.184,09 zł
b/ należnego podatku od towarów i usług dot. faktur wystawionych przez Spółkę dla Zarządu OST "G." z siedzibą w W. za dzierżawę autokarów na kwotę 4.383,37.