Zarówno w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego jak i doktrynie utrwalił się pogląd, że organy podatkowe nie mają kompetencji do orzekania o nieważności czynności cywilnoprawnych, lecz z uwagi na autonomiczność prawa podatkowego mogą dla celów podatkowych nie uwzględnić skutków czynności cywilnoprawnych, które zostały zawarte wyłącznie w celu obejścia przepisów prawa podatkowego - przy czym taki właśnie cel zawarcia tych czynności cywilnoprawnych musi wynikać i to w sposób nie budzący wątpliwości z całokształtu okoliczności sprawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "E." S.A. w T. na decyzję Izby Skarbowej w T. z dnia 29 października 1997 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług - oddalił skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia 29 października 1997 r. Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 15 lipca 1997 r. określającą Spółce Akcyjnej "E." zobowiązanie z tytułu podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń, luty, marzec 1997 r. oraz ustalającą dodatkowe zobowiązanie podatkowe za te miesiące 1997 r., a nadto umarzającą postępowanie dotyczące zobowiązań z tytułu podatku od towarów i usług za miesiąc grudzień 1996 r.
W uzasadnieniu decyzji Izba podała m.in., że zgodnie z przepisem art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym do 31 marca 1997 r. przepisów ustawy nie stosuje się do sprzedaży przedsiębiorstwa, zakładu /oddziału/ samodzielnie sporządzającego bilans lub innej zorganizowanej części przedsiębiorstwa stanowiącej wyodrębniony organizacyjnie zakład /oddział/.
W myśl art. 55[1] Kc przedsiębiorstwo to zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, obejmujący w szczególności: firmę, znaki towarowe i inne oznaczenia indywidualizujące przedsiębiorstwo, księgi handlowe, nieruchomości i ruchomości należące do przedsiębiorstwa, w tym produkty i materiały, zobowiązania i obciążenia związane z prowadzeniem przedsiębiorstwa itd.
Bezspornym w niniejszej sprawie jest fakt, że spółka cywilna "E." zbyła w okresie od grudnia 1996 r. /faktura z 31 grudnia 1996 r. nr 2/96/ do marca 1997 r. /faktury od nr 2 do 7/97 oraz od nr 9 do 12/96/ cały - z wyjątkiem jednego komputera ze skanerem - majątek ruchomy i nieruchomy na rzecz spółki akcyjnej "E.", na który składały się m.in. konstrukcja stalowa hali magazynowej, budynki i budowle, ogrodzenia, prawo wieczystego użytkowania gruntu.
Należy w tym miejscu zauważyć, iż część z rzeczy ruchomych i nieruchomości będących przedmiotem sprzedaży /grunty wraz z zabudową, waga hakowa o udźwigu 5.000 kg, telefony komórkowe, samochody Cinqucento i Star, komputer z instalacją i okablowaniem/ była - zanim doszło do ich zbycia - dzierżawiona przez "E." S.A. od spółki cywilnej, na podstawie umów nr 1/96 i nr 2/96 z dnia 3l grudnia 1996 r. Tym samym Spółka akcyjna zanim objęła we własność całość przedsiębiorstwa spółki cywilnej, prowadziła już z jego wykorzystaniem swoją działalność gospodarczą.
Co więcej spółka cywilna z dniem 31 grudnia 1996 r. rozwiązała umowy o pracę ze wszystkimi pracownikami, którzy następnie z dniem 1 stycznia 1997 r. zostali zatrudnieni w spółce akcyjnej.
Istotnym w niniejszej sprawie jest również pozostający poza sporem fakt, że obie Spółki powiązane są ze sobą osobowo, tj. wspólnicy spółki cywilnej "E." są zarazem akcjonariuszami spółki akcyjnej "E.", jak i powiązane są one co do przedmiotu prowadzonej działalności. Ponadto podkreślić należy, iż nazwa spółki cywilnej to zarazem firma pod którą występuje spółka akcyjna, przy czym siedziby obu spółek mieszczą się pod tym samym adresem w T. przy ul. G.