Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Zbigniew Romała, Sędziowie Sędzia NSA Małgorzata Gorzeń, Sędzia WSA Irena Wesołowska (spr.), , , po rozpoznaniu w Wydziale I w trybie uproszczonym w dniu 25 maja 2022 r. sprawy ze skargi "A" na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 18 października 2021 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Postanowieniem z 7 października 2020 r., Sąd Rejonowy w Słupsku IX Wydział Cywilny przysądził na rzecz S. (dalej w skrócie zwanej Spółką), za cenę 510.000 zł, prawo własności nieruchomości gruntowej w postaci działki zabudowanej nr [...], położonej w S. przy ul. S., dla której Sąd Rejonowy w Słupsku VII Wydział Ksiąg Wieczystych prowadzi księgę wieczystą nr [...]. Postanowienie uprawomocniło się w dniu 5 listopada 2020 r.
W dniu 8 grudnia 2020 r. Spółka złożyła deklarację PCC-3, w której wykazała należny podatek od czynności cywilnoprawnych w wysokości [...] zł, obliczony według stawki 2% od wartości rynkowej nabytej nieruchomości w kwocie [...] zł.
Pismem z 12 stycznia 2021 r. Spółka wystąpiła z wnioskiem o zwrot nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie [...] zł. W uzasadnieniu wniosku strona wskazała, iż w dniu sprzedaży nieruchomości nie posiadała wiedzy, że transakcja podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, w związku z czym zapłaciła podatek od czynności cywilnoprawnych w wysokości 2% wartości nieruchomości. Dopiero w dniu 18 grudnia 2020 r. Spółka otrzymała fakturę VAT nr [...] z 27 listopada 2020 r., zgodnie z którą sprzedaż nieruchomości gruntowej została zwolniona z opodatkowania podatkiem VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10a ustawy o podatku od towarów i usług. W świetle powyższego zgodnie z art. 2 ust. 4 lit. b ustawy o czynnościach cywilnoprawnych zakup nieruchomości nie podlegał opodatkowaniu tym podatkiem, a zapłacona przez Spółkę kwota [...] zł została uiszczona nienależnie.
Decyzją z dnia 8 marca 2021 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Słupsku (dalej w skrócie zwany Naczelnikiem lub organem pierwszej instancji) stwierdził nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie [...] zł. W uzasadnieniu decyzji Naczelnik wskazał, że zgodnie z wydaną w niniejszej sprawie interpretacją indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy nr ITPP2/4512-29/15/PS z 3 marca 2015 r., sprzedaż w drodze licytacji komorniczej nieruchomości gruntowej w części w jakiej była wykorzystywana przez dłużnika dla celów mieszkaniowych, nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W związku z tym organ stwierdził, że sprzedaż nieruchomości w tej części podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, a zapłacony w tym zakresie podatek jest podatkiem należnym. Jednocześnie Naczelnik wskazał, że sprzedaż nieruchomości w części produkcyjno-magazynowej, która korzysta ze zwolnienia z opodatkowania VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług, podlega wyłączeniu z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 2 ust. 4 lit. a ustawy w tym podatku. Tym samym kwota [...] zł zapłacona przez Spółkę tytułem podatku od czynności cywilnoprawnych od umowy sprzedaży nieruchomości w części produkcyjno-magazynowej została uiszczona nienależnie i stanowi nadpłatę podatku.