Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Gorzeń, Sędziowie Sędzia WSA Krzysztof Przasnyski (spr.), Sędzia WSA Ewa Wojtynowska, Protokolant Starszy Sekretarz Sądowy Beata Jarecka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 5 lutego 2014 r. sprawy ze skargi ,,A" spółka z ograniczoną odpowiedzialnością spółka komandytowo-akcyjna z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia 24 września 2013 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzania nadpłaty oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia 24 września 2013 r. Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia 18 kwietnia 2013 r. odmawiającą "A" Sp. z o.o. spółce komandytowo-akcyjnej z siedzibą w K. stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 81.692 zł.
Decyzja ta zapadła na tle następującego stanu faktycznego.
W dniu 1 listopada 2012 r. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników "A" Sp. z o.o. w organizacji spółka komandytowo-akcyjna z siedzibą w K. podjęło uchwały o podwyższeniu kapitału zakładowego spółki o łączną kwotę 16.351.137 zł, w drodze emisji akcji imiennych zwykłych serii B o wartości nominalnej 1.00 zł każda (protokół z posiedzenia - akt notarialny Rep. [...]).
Podwyższenie kapitału zakładowego zostało pokryte wkładem niepieniężnym w postaci przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 Kodeksu cywilnego prowadzonego jednoosobowo przez A. K. pod firmą "B". W rezultacie powyższego podjęto uchwałę o zmianie statutu spółki.
Na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 9, w zw. z art. 6 ust. 9 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. z 2010r. Nr 101, poz. 649 ze zm.), dalej "upcc", z tytułu dokonanej czynności cywilnoprawnej notariusz, jako płatnik, pobrał i odprowadził do właściwego naczelnika urzędu skarbowego podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 81.692 zł.
Wnioskiem złożonym w dniu 14 lutego 2013 r. "A" Sp. z o.o. spółka komandytowo-akcyjna reprezentowana przez pełnomocnika, zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Jako uzasadnienie wskazano, iż podatek został pobrany niezgodnie z uregulowaniami wspólnotowego prawa europejskiego i jako taki winien zostać spółce zwrócony.
Decyzją z dnia 18 kwietnia 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego, nie znajdując podstaw do uwzględnienia wniosku spółki, odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Organ podatkowy pierwszej instancji uznał m.in., że spółka komandytowo - akcyjna zaliczana jest do spółek osobowych. Nie spełnia wymogów aktu prawa wspólnotowego obowiązującego w dacie podwyższenia kapitału zakładowego, to jest art. 2 ust. 1 Dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.U.UE.L.2008.46.11). Jakkolwiek przedmiot działalności skierowany jest na zysk, to Państwo polskie skorzystało z prawa nieuznawania podmiotów wymienionych w art. 2 ust. 2 Dyrektywy za spółki kapitałowe, czego wyrazem jest treść art. 1a upcc. Spółka komandytowo-akcyjna podlega więc opodatkowaniu wyłącznie na zasadach przewidzianych w polskim ustawodawstwie.