Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Ewa Wojtynowska (spr.), Sędziowie Sędzia NSA Małgorzata Gorzeń, Sędzia WSA Irena Wesołowska, Protokolant Sekretarz Sądowy Katarzyna Sałek-Gałązka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 11 grudnia 2019 r. sprawy ze skargi "A" Sp. z o.o. Sp. K. z siedzibą w G. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w G. z dnia 12 czerwca 2019 r., nr [...], [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za kwiecień 2016 r,od kwietnia 2017 r. do sierpnia 2017 r. oraz za czerwiec 2016 r. oddala skargę.
Naczelnik Urzędu Skarbowego (dalej: Naczelnik US) wydał wobec spółki A Sp. z o.o. Sp.k. (dalej: A lub Spółka) dwie decyzje w przedmiocie podatku od towarów i usług:
1. decyzję z dnia 21 czerwca 2018 r. określającą Spółce za kwiecień 2016r. zobowiązanie w kwocie 215.096,00 zł, za kwiecień 2017r. zobowiązanie w kwocie 985.860,00 zł, za maj 2017r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych w kwocie 1.513.424,00 zł, za czerwiec 2017r. zobowiązanie w kwocie 716.388,00 zł, za lipiec 2017r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych w kwocie 6.094,00 zł, za sierpień 2017r. kwotę podatku do zwrotu na rachunek bankowy Spółki w terminie 60 dni w wysokości 13.103,00 zł, oraz ustalającą dodatkowe zobowiązanie podatkowe: za kwiecień 2017r. w wysokości: 295.758,00 zł, za maj 2017r. w wysokości 18.388,00 zł, za czerwiec 2017r. w wysokości 214.916,00 zł, za lipiec 2017r. w wysokości 469.474,00 zł;
2. decyzję z dnia 23 października 2018r. określającą Spółce zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiąc czerwiec 2016r. w wysokości 268.766,00 zł,
Dokonane przez Naczelnika US rozstrzygnięcie spowodowane było zakwestionowaniem w wyniku przeprowadzonego postępowania sposobu rozliczenia przez Spółkę transakcji sprzedaży nieruchomości objętej księgą wieczystą KW nr [...] położonej w S przy ul. S, stanowiącej działki nr [...] obszaru 1,1017 ha oraz nr [...] obszaru 0,0154 ha, oznaczone symbolem BP (zurbanizowane tereny niezabudowane) - na rzecz spółki powiązanej B Sp. z o.o. Sp. K. (dalej: B), udokumentowanej aktem notarialnym z dnia 29 kwietnia 2016r., Rep. A nr [...].
Przedmiotową transakcję Spółka rozliczyła jako sprzedaż zwolnioną z opodatkowania podatkiem VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (teksty jednolite: Dz.U. z 2016r. poz. 710 ze zm. oraz Dz.U. z 2017r., poz. 1221 ze zm.), dalej ustawa o VAT, obejmującą dostawę terenów niezabudowanych innych niż tereny budowlane, za cenę 12.400.000 zł. Tymczasem zdaniem Naczelnika US powyższa umowa była jedynie umową o charakterze zobowiązującym, tj. umową przedwstępną sprzedaży nieruchomości, a dostawa nieruchomości nastąpiła faktycznie w dniu 14 czerwca 2017r., tj. w terminie 14 dni od wejścia w życie Miejscowego Planu Zagospodarowania Przestrzennego (dalej:MPZP), z którego wynikało, iż sprzedawana nieruchomość to teren przeznaczony pod budownictwo mieszkaniowe wielorodzinne. W konsekwencji nie zaistniały przesłanki do zastosowania zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT.
Otrzymane przez Spółkę od nabywcy nieruchomości spółki B wpłaty: z dnia 29.04.2016r. na kwotę 6.200.000 zł, z dnia 17.06.2016r. na kwotę 1.600.000 zł, z dnia 15.04.2017r. na kwotę 5.600.000 zł - organ uznał za zaliczki na poczet przyszłej dostawy gruntu budowlanego podlegające opodatkowaniu 23% stawką podatku VAT w dacie ich otrzymania, zgodnie z art. 19a ust. 8 i art. 41 ust. 1 ustawy o VAT. Pozostałe wpłaty w łącznej kwocie 12.200.000 zł stanowiły pozostałą część ceny sprzedaży nieruchomości i jako takie podlegały opodatkowaniu stawką 23% w momencie powstania obowiązku podatkowego, tj. w czerwcu 2017r. - art.19a ust. 1 ustawy o VAT.