1. Po sporządzeniu wyniku kontroli inspektor nie jest upoważniony do sporządzania innych dokumentów mogących stanowić dowód w postępowaniu podatkowym, nawet jeżeli dokumenty te stanowią jedynie uszczegółowienie opisanych wcześniej ustaleń i wobec tego nie mają wpływu na wynik sprawy.
2. Nieuznanie danych wydatków za koszty uzyskania przychodów z tej tylko przyczyny, że zostały nie udokumentowane lub udokumentowane dowodami księgowymi nie spełniającymi wymogów formalnych, nie znajduje uzasadnienia w przepisach ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zasady opodatkowania /Dz.U. nr 21 poz. 86 ze zm./. Prawidłowo i rzetelnie sporządzone dowody księgowe posiadają szczególną rangę dowodową na podstawie art. 169 par. 1 Kpa. Dokumenty natomiast sporządzone wadliwie takiej rangi nie posiadają, powinny być jednak - przy braku dowodów księgowych - oceniane tak jak każdy dowód w postępowaniu podatkowym, nie będący dowodem księgowym.
W dniach od 20 stycznia do 16 maja 1995 r. Urząd Kontroli Skarbowej w B. przeprowadził w Przedsiębiorstwie "H." Spółce z o.o. w B. kontrolę prawidłowości rozliczeń z budżetem za 1993 r.
W sporządzonym z kontroli tej wyniku kontroli, który Spółka zakwestionowała wnosząc pismem z dnia 25 maja 1995 r. żądanie skierowania sprawy na drogę postępowania w sprawach zobowiązań podatkowych, kontrolujący ustalili dla Spółki za badany okres dochód do opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych w kwocie 1.096.132.000 st. zł należny od tego dochodu podatek wyniósł natomiast kwotę 4.384.528.000 st. zł.
Po otrzymaniu żądania skierowania sprawy na drogę postępowania podatkowego Urząd Skarbowy w B. wszczął w sprawie postępowanie, o czym powiadomił Spółkę pismem z dnia 4 września 1995 r., wzywając jednocześnie do złożenia ewentualnych dowodów i wyjaśnień odnośnie poczynionych ustaleń i wskazanie okoliczności faktycznych i prawnych mających znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy.
W styczniu 1996 r. sprawa została przekazana według właściwości miejscowej - Urzędowi Skarbowemu w B. /rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 27 listopada 1995 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib urzędów i izb skarbowych - Dz.U. nr 43 poz. 706 /. Przekazane materiały dowodowe obejmowały protokół z badania dokumentów i ewidencji, adnotację, wynik kontroli, kserokopię żądania, opinię do żądania wraz z załącznikiem oraz kserokopie przykładowo wybranych dokumentów źródłowych a także dodatkowe wyjaśnienia do protokołu tj. opinie z dnia 23 czerwca 1995 r. i z dnia 24 lipca 1995 r. /bez daty wpływu do urzędu/.
Opinie te - jak poinformował Urząd - przekazał Inspektor Urzędu Kontroli Skarbowej z własnej inicjatywy w październiku 1995 r., a więc po wszczęciu postępowania w przedmiotowej sprawie.
Urząd Skarbowy po przeprowadzeniu postępowania podatkowego, decyzją z dnia 20 marca 1996 r. określił dla Przedsiębiorstwa "H." Spółce z o.o. w B. wysokość należnego podatku dochodowego od osób prawnych za 1993 r. w kwocie 4.384.528.000 zł. Spółka wykazała za ten rok podatek w kwocie 26.263.720 st. zł.
W uzasadnieniu organ podał, iż różnica w wyliczeniu podatku powstała wskutek nieprawidłowego ustalenia przez Spółkę podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych poprzez zaniżenie przychodów o kwotę 1.164.574.000 st. zł oraz zawyżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę 9.856.904.608 st. zł i zaniżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę 114.580.000 st. zł.
I. Zaniżenie przychodów nastąpiło wobec:
1/ niezaewidencjonowania na koncie sprzedaży kwot wynikających z faktur nr 6/93, 7/93, 8/93, 24/93 o łącznej wartości 37.427.500 st. zł.
Faktury powyższe były poprawiane, przy czym poprawek dokonano niezgodnie z par. 7 ust. 3 i par. 12 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 stycznia 1991 r. w sprawie zasad prowadzenia rachunkowości /Dz.U. nr 10 poz. 35/ i dlatego przychód z tych faktur zaewidencjonowano według kwot przed dokonaniem poprawek tj. według wartości wpisanej słownie na każdej z ww. faktur,