Organ odwoławczy wskazał, że powstanie zobowiązania w opłacie paliwowej jest bezwarunkowo związane z powstaniem zobowiązania podatkowego w akcyzie. W związku z tym w ocenie organu odwoławczego, w każdym przypadku kiedy organ podatkowy określi wysokość zobowiązania podatkowego w akcyzie w odniesieniu do paliw, obowiązany jest do określenia zobowiązania w opłacie paliwowej. Organ wskazał, że w postępowaniu w przedmiocie opłaty paliwowej organ podatkowy bada jedynie, czy powstało zobowiązanie podatkowe w akcyzie i czy dotyczy ono paliw silnikowych wymienionych w art. 37h ust. 4 ustawy o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym. Przedmiotem postępowania w sprawie opłaty paliwowej, nie jest bowiem badanie zagadnień podlegających rozstrzygnięciu w postępowaniu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego, w związku z czym argumenty odwołania dotyczące zasadności określenia zobowiązania podatkowego w akcyzie nie wpływają na ocenę prawidłowości określenia Spółce zobowiązania w opłacie paliwowej. Organ wyjaśnił, że merytoryczna ocena prawidłowości określenia zobowiązania w akcyzie możliwa jest w ramach postępowania odwoławczego od decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, a także w ramach kontroli jej zgodności z prawem realizowanej przez sądy administracyjne. Ponadto odwołując się do art. 7 Konstytucji RP organ wskazał, że żaden przepis prawa nie uzależnia wydania decyzji w sprawie opłaty paliwowej od prawomocności decyzji określającej zobowiązanie w akcyzie. Ewentualna zmiana lub uchylenie decyzji podatkowej w trybach przewidzianych przepisami ordynacji podatkowej lub prawa o postępowaniu przed sadami administracyjnymi umożliwi odpowiednie uchylenie lub zmianę decyzji w sprawie opłaty paliwowej. Mając na uwadze powyższe, organ odwoławczy uznał powołane przez Skarżącego w odwołaniu zarzuty za niezasadne oraz stwierdził prawidłowość zaskarżonej decyzji.
Skargę do sądu administracyjnego na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w B. z dnia [...] września 2017 r. Nr [...], wywiódł K. P. zarzucając jej:
1. naruszenie prawa materialnego, tj. art 37j ustawy z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym w zw. z art. 13 ust. l pkt l ustawy z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym, poprzez ich błędne zastosowanie;
2. naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik postępowania w postaci art. 121 § 1, art 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art 188, art. 191 oraz 210 § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez niewyjaśnienie przez organ wszystkich istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, niepodjęcie działań mających na celu zebranie i rozpatrzenie całości materiału dowodowego w sprawie oraz dokonanie dowolnej oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego, co w konsekwencji doprowadziło do błędnego ustalenia, że Usługi T. jest płatnikiem podatku akcyzowego, a co za tym idzie jest także obowiązany do zapłaty opłaty paliwowej od paliw silnikowych oraz gazu;
Mając na względzie powyższe Skarżący wniósł o uchylenie w całości decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w B. nr [...] z dnia [...] września 2017 r. oraz utrzymanej w mocy decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. nr [...] z dnia [...] czerwca 2017 r.