W sytuacji, gdy organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w drodze decyzji podatkowej koryguje wielkość podatku należnego VAT poprzez zmianę stawki opodatkowania w stosunku do określonego obrotu, to treść takiej decyzji stanowi istotny fakt prawotwórczy dla decyzji w przedmiocie określenia przychodu (dochodu) i zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Wojciech Stachurski (spr.), Sędziowie sędzia WSA Małgorzata Roleder, sędzia WSA Urszula Barbara Rymarska, Protokolant Beata Rusiecka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 29 marca 2012 r. sprawy ze skargi P. K. B. i G. B. B. Spółka z o.o. w B. na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. z dnia [...] listopada 2011 r., nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2006 r. oddala skargę.
W wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego wobec P. K. B. i G. B. "B." Spółki z o.o. (powoływanej dalej jako "Spółka"), Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. wydał [...] czerwca 2009 r. dwie decyzje podatkowe. Pierwszą z nich, o nr [...], określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące styczeń, marzec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik i grudzień 2006 r., a także kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na miesiąc następny za miesiące kwiecień, maj i czerwiec 2006 r. Podstawą wydania tej decyzji było ustalenie organu, że Spółka zaniżyła podatek należny wskutek zastosowania nieprawidłowej stawki podatku VAT do sprzedaży usług budowy i remontu dróg publicznych, będących własnością gminnych jednostek samorządowych, tj. stawki 7% zamiast stawki 22 %. Z kolei decyzją o nr [...], Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2006 r. w kwocie [...] zł, tj. w mniejszej wysokości od zadeklarowanego przez Spółkę zobowiązania w kwocie [...] zł. W uzasadnieniu tej decyzji organ stwierdził, że zawyżenie przez Spółkę przychodów wynikało z nieprawidłowego określenia kwoty podatku należnego VAT za miesiące marzec, maj, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień i grudzień 2006 r., poprzez zastosowanie nieprawidłowej stawki. W tym zakresie organ odwołał się do wymienionej wcześniej decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług.
Decyzja w przedmiocie podatku dochodowego nie została zaskarżona odwołaniem i w związku z tym stała się ostateczna. Z kolei decyzja w zakresie podatku od towarów i usług została ostatecznie uchylona przez Dyrektora Izby Skarbowej w B. decyzją z [...] kwietnia 2010 r., a postępowanie w tej sprawie umorzono.
W tej sytuacji Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej postanowieniem z [...] października 2010 r. wznowił z urzędu postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2006, a następnie [...] grudnia 2010 r. wydał decyzję, którą uchylił decyzję z [...] czerwca 2009 r. nr [...] oraz określił zobowiązanie podatkowe w tym podatku w wysokości [...] zł. Jako podstawę wznowienia postępowania organ przyjął przepis art. 240 § 1 pkt 5 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. (tekst jedn. Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm., powoływanej dalej jako "o.p."), tj. wyjście na jaw istotnych dla sprawy nowych okoliczności faktycznych lub nowych dowodów istniejących w dniu wydania decyzji, nieznanych organowi, który wydał decyzję. W wyniku rozpatrzenia odwołania od tej decyzji, po ponownym rozpoznaniu sprawy, organ kontroli skarbowej utrzymał ją w mocy decyzją z [...] marca 2011 r. Po rozpoznaniu skargi na decyzję z [...] marca 2011 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku wyrokiem z 6 lipca 2011r. (I SA/Bk 186/11) uchylił zaskarżoną decyzję, wskazując w uzasadnieniu, że inna kwota należnego podatku VAT, ujawniona w terminie późniejszym, niż wydanie decyzji ostatecznej w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych, nie może być postrzegana jako nowa okoliczność faktyczna lub nowy dowód, istniejące w dniu wydania decyzji.