Jeżeli w wyniku takich ustaleń okaże się, że ów "rezydualny podatek" jest niższy niż akcyza nałożona przy sprzedaży samochodu osobowego przed pierwszą jego rejestracją na terytorium kraju, różnicę tę, przewyższającą kwotę "rezydualną", będzie należało uznać za niezgodną z prawem wspólnotowym (art. 90 akapit pierwszy TWE), a na organie celnym będzie spoczywał obowiązek zastosowania tego prawa z pominięciem prawa krajowego i dokonanie obliczenia podatku akcyzowego z uwzględnieniem wysokości tej różnicy.
Analizując podatek akcyzowy, o którym mowa w art. 80 ust. 2 pkt 1 u.p.a., który obciąża samochody używane sprzedawane na terenie kraju przed jego pierwszą rejestracją, po więcej niż dwóch latach od daty produkcji, obliczony zgodnie z wzorem przewidzianym w § 7 ust. 2 rozporządzenia z 22 kwietnia 2004 r., w brzmieniu obowiązującym w marcu 2005 r., należy stwierdzić, że rozwiązania przyjęte we wspomnianych przepisach powodują wzrost stawki wraz z wiekiem pojazdu aż do stawki 65%. Wzrost ten dotyczy pojazdów używanych nabywanych w innym niż Polska państwie członkowskim a nie dotyczy takich samochodów nabywanych w Polsce, które były opodatkowane akcyzą gdy były nowe, gdyż ułamek odpowiadający rezydualnemu podatkowi zawartemu w wartości takich pojazdów pozostaje niezmienny i wynosi 3,1% lub 13,6% - w zależności od pojemności silnika. Do samochodów osobowych opodatkowanych w kraju jako nowe, sprzedawanych następnie jako używane po roku następującym po roku produkcji wzrastająca stawka podatku akcyzowego nie ma zastosowania, bowiem ich sprzedaż następuje już po pierwszej rejestracji na terytorium kraju. Właśnie to może powodować, że obciążenie podatkiem akcyzowym używanych samochodów osobowych starszych niż dwuletnie, nabytych w innym państwie członkowskim będzie przewyższać obciążenie takim podatkiem podobnych produktów krajowych, co prowadziłoby do naruszenia art. 90 akapit pierwszy TWE.
W stanie faktycznym zaistniałym w niniejszej sprawie organy, stosownie do przywołanych przepisów prawa krajowego, zastosowały stawki podatkowe przewyższające stawki 3,1 % lub 13,6 % - w zależności od pojemności silnika, w tym także zastosowano stawkę maksymalną - 65 %, z tytułu sprzedaży przez Skarżącego samochodów osobowych przed ich pierwszą rejestracją na terytorium kraju. Powyższe pozwala Sądowi stwierdzić, że organy naruszyły art. 90 TWE, przez jego niezastosowanie, w sytuacji, gdy stosowanie przepisów prawa krajowego powodować może zakazane w tym przepisie dyskryminujące opodatkowanie podatkiem akcyzowym sprzedanych przez Skarżącego samochodów uprzednio nabytych wewnątrzwspólnotowo.
Należy, zatem stwierdzić, że organy obu instancji naruszyły art. 90 TWE przez jego niezastosowanie, w sytuacji, gdy stosowanie przepisów prawa krajowego powodować może zakazane wspomnianym przepisem dyskryminujące opodatkowanie podatkiem akcyzowym sprzedawanych przez Skarżącego samochodów pochodzących z innych państw członkowskich.
Wobec stwierdzonych naruszeń art. 90 TWE oraz § 14 ust. 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz. U. Nr 27, poz. 269 ze zm.), § 14 ust. 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia
23 grudnia 2003 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz. U. Nr 221, poz. 2196) oraz art. 79 ustawy z dnia 23 stycznia 2004 r. o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 29, poz. 257 ze zm.) orzeczono o uchyleniu zaskarżonej decyzji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.).
Organ ponownie rozpoznając sprawę uwzględni dokonaną przez Sąd wykładnię mających w sprawie przepisów dotyczących podatku akcyzowego oraz treść art. 90 TWE. Orzeczenie o niewykonywaniu zaskarżonej decyzji, Sąd oparł o przepis art. 152 cytowanej ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. O kosztach postępowania Sąd orzekł natomiast na podstawie art. 200 p.p.s.a. w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz przepisów § 6 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów nieopłaconej pomocy prawnej udzielonej z urzędu (Dz. U. Nr 163, poz. 1348 ze zm.).